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2025年9月27日

学习Sci. Adv. 关于AMP_generator文章-复现

摘要: github打包代码块:https://github.com/jkwang93/AMP-Designer/blob/main/ 环境配置:在Anaconda Prompt中创建虚拟环境“AMPdesign”,python=3.9。本人新手,根据大佬帖子安装pytorch:“https://zhuan 阅读全文

posted @ 2025-09-27 13:27 Nano牛马 阅读(12) 评论(0) 推荐(0)

2025年8月27日

如何绘制XRD标准图谱

摘要: 平台仪器里获取标准谱图的XPS文件 网址:https://online2pdf.com/oxps-to-pdf 中将XPS文件转为PDF 将PDF中信号点填于Origin中 绘图:Scatter,双击散点,将散点的Size选为0,并将Drop Lines中勾选Vertical 阅读全文

posted @ 2025-08-27 19:52 Nano牛马 阅读(21) 评论(0) 推荐(0)

2025年7月29日

Gromacs_GPU版本编译

摘要: 在WSL的ubantu下创建一个新环境: conda create y -n gmx python=3.10 cmake fftw 激活虚拟环境 conda activate gmx 设置变量 GROMACS_VERSION=2022.2 INSTALL_PREFIX=$CONDA_PREFIX 下 阅读全文

posted @ 2025-07-29 10:58 Nano牛马 阅读(55) 评论(0) 推荐(0)

2025年4月26日

ubantu安装proteinmnpp和alphafold2 --一些记录

摘要: 本次操作参照github中大佬的的项目:https://github.com/nrbennet/dl_binder_design/tree/main 一、克隆本项目到本地 git clone https://github.com/nrbennet/dl_binder_design.git 里面提到一 阅读全文

posted @ 2025-04-26 12:57 Nano牛马 阅读(234) 评论(0) 推荐(0)

2025年4月22日

RFDiffusion如何选择Hotspots?

摘要: 一、理想的Hotspot特点: 特性 解释 功能性 这个残基和蛋白质功能直接相关,比如催化活性、底物结合、信号传递。 表面暴露 残基要在蛋白表面、容易被binder接触,埋藏在核心的残基不合适。 物化性质适合 热点残基最好能形成氢键、疏水作用、π-π相互作用,比如 Tyr、Trp、Arg、Asp。 阅读全文

posted @ 2025-04-22 17:19 Nano牛马 阅读(176) 评论(0) 推荐(0)