随笔分类 - 生物学
表达组都包括什么
摘要：表达组（expression profile）是指在一个生物体或细胞中的所有基因在特定时间和条件下的表达情况的总和。表达组研究的主要目标是了解基因的表达模式，特别是哪些基因在不同条件下的表达水平发生了变化。 其实就是mRNA分子被细胞中的核糖体（ribosome）解读，根据mRNA上的核酸序列合成蛋
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转录组都有什么
摘要：转录组是指一个生物体内的所有转录本（RNA分子），也就是所有基因在特定时间和条件下的表达情况。转录组研究的目的是了解在特定生物样本中哪些基因被转录成RNA，以及它们的相对表达水平。 一个典型的转录组研究通常包括以下方面的内容： RNA提取： 从生物样本（通常是细胞或组织样本）中提取总RNA。总RNA
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画qq图和曼哈顿图
摘要：https://www.youtube.com/watch?v=BKpZpA8WfcQ&list=PLaZuFfQk5gXPuXNA00R_uEfD422lmkSnr&index=6 用的GEWAS中example中的数据 一、 qqman install.packages("qqman") lib
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GEMMA安装和使用
摘要：ttps://www.jianshu.com/p/d31404620c9b https://github.com/genetics-statistics/GEMMA/releases Gemma是一个用于基因组关联分析（GWAS）的统计软件。Gemma（Genome-wide Efficient M
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QQplot
摘要：在GWAS（基因组关联研究）中，QQ plot（Quantile-Quantile plot，分位数-分位数图）是一种常用的统计图形，用于评估GWAS结果中的关联统计量是否偏离了预期的分布。 x轴：预期的P值分布的分位数。通常是以负对数刻度表示（-log10(P)）。在QQ图上，x轴的数值范围从较小
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cmplot
摘要：cmplot是R语言中一个常用的生物信息学工具包（Bioconductor包），用于绘制基因共表达网络（co-expression network）中的模块（module）的图形展示。cmplot提供了一种简便的方式来可视化基因模块在不同条件或组之间的表达模式，帮助研究人员理解基因调控网络中的模式和
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PLINK文件格式
摘要：PLINK文件格式是Plink软件使用的一种常见的文件格式，用于存储基因型数据和相关信息。PLINK文件格式包括两个主要文件：PED文件和MAP文件。 PED文件（.ped）：PED文件是以纯文本形式存储的基因型数据文件，每一行表示一个个体的基因型信息。PED文件的每一列对应于一个基因座（SNP），
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GWA in PLINK
摘要：https://www.youtube.com/watch?v=7QMSZx3io-Q
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SNP
摘要：核苷酸： 核苷酸是构成核酸（DNA和RNA）的基本组成单位。它是由三个组成部分组成：一个含氮碱基、一个五碳糖（核糖或脱氧核糖）和一个磷酸基团。 在DNA中，四种碱基包括腺嘌呤（adenine，简称A）、鸟嘌呤（guanine，简称G）、胸腺嘧啶（thymine，简称T）和胞嘧啶（cytosine，简
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GWAS数据库
摘要：NHGRI-EBI GWAS数据库: https://www.ebi.ac.uk/gwas/ 描述：由美国国家人类基因组研究所（NHGRI）和欧洲生物信息研究所（EBI）合作建立的GWAS数据库，提供了公开可访问的GWAS关联结果和相关信息。 GRASP: http://grasp.nhlbi.ni
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曼哈顿图
摘要：纽约曼哈顿： 曼哈顿图： 曼哈顿图（Manhattan plot）是一种常用于基因组关联分析（GWAS）结果可视化的图表形式。它得名于其类似曼哈顿市天际线的形状。 曼哈顿图以染色体上的位置为横轴，统计显著性（通常是负对数P值或-log10(P值)）为纵轴。每个SNP（单核苷酸多态性）或基因位点在曼哈
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GLM/MLM/CMLM
摘要：GLM（Generalized Linear Model）、MLM（Mixed Linear Model）和CMLM（Compressed Mixed Linear Model）都是统计模型，常用于基因组关联分析（Genome-Wide Association Study，GWAS）中。 GLM（G
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tassel是什么
摘要：TASSEL（Trait Analysis by aSSociation, Evolution and Linkage）是一个用于遗传数据分析的开源软件套件。 TASSEL提供了一系列工具和算法，用于进行关联分析、群体结构分析、基因型-表型关联分析等。 TASSEL最初是由康奈尔大学开发的，旨在支持
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plink用法
摘要：https://www.cog-genomics.org/plink/ ./plink --file toy --freq --out toy_analysis ./plink --file 输入的文件名 相应的处理 --out 输出的文件名
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plink这是啥
摘要：Plink（整体用大写字母 PLINK 表示）是一种用于进行遗传数据分析的开源软件。 它是一个功能强大且广泛使用的工具，主要用于关联分析、基因型质量控制、遗传多样性分析、遗传模型拟合等。 Plink 最初是作为一个基因关联研究工具开发的，可以帮助研究人员在基因组数据中寻找与特定性状或疾病相关的基因变
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TWAS这是啥
摘要：TWAS（Transcriptome-Wide Association Study）全转录组关联分析 思想： 用于探索基因表达与复杂性状（如疾病风险）之间的关联。传统的GWAS（Genome-Wide Association Study）方法主要关注基因组中的遗传变异与疾病之间的关系，而TWAS则着
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wgcna这是啥
摘要：WGCNA（Weighted Gene Co-Expression Network Analysis）加权基因共表达网络分析 Gene：基因 Genome：基因组 思想： 将基因表达数据转化为基因共表达网络，其中每个基因是网络中的一个节点，而基因之间的共表达关系则用边连接。 WGCNA根据基因之间的
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这是啥
摘要：GWAS（Genome-Wide Association Study) 全基因组关联分析 https://www.cnblogs.com/leezx/p/9013615.html https://www.youtube.com/watch?v=LGevar2v_3c 作用： 虽然大多数的SNP是中性
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高通量测序是啥
摘要：什么是一代测序 一代测序的工作原理如下： 制备测序模板： 首先，需要制备一份包含待测DNA或RNA分子的模板，通常通过复制（扩增）这些分子以获得足够多的材料。 链终止测序： 一代测序使用的主要技术是Sanger测序方法，该方法利用了DNA聚合酶合成DNA链的特性。在反应中，将DNA合成反应分为四个不
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PCR是什么
摘要：PCR代表聚合酶链反应（Polymerase Chain Reaction）。PCR是一种在实验室中扩增DNA片段的技术，它能够在短时间内从极少量的DNA样本中产生大量的DNA复制品。 PCR的基本原理是通过不断重复一系列的温度变化步骤来扩增目标DNA序列。这些温度变化步骤包括： 变性（Denatu
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