liuxin

摘要： 利用AWK命令进行各种类型输出，在处理生信数据时，使用AWK命令会非常方便，省去很多编写脚本处理数据的时间。 一、使用man命令查看awk使用说明 二、练习使用AWK命令输出对应行列文件 输出文件第一列 awk '{print $1}' /Users/liuxin/Desktop/md5.txt 输 阅读全文

摘要： 由于linux一切设备通过文件形式管理，因此linux服务器上插入硬盘并不像windows会图形化显示硬盘位置，在服务器上需要挂载硬盘到用户文件下才可以正常使用。在拔出磁盘之前也需要响应的卸载操作。 一、查询硬盘位置 sudo fdisk -l 其中Size为4.7T的是我插入的硬盘，所在路径为/d 阅读全文

摘要： 功能：在a中查询b。 通过vim创建vlookup.sh脚本 #!/bin/bash awk 'NR==FNR{a[$1]=$0;next}NR>FNR{if($1 in a)print $0"\t"a[$1]}' $1 $2 >vlookup_result 激活脚本 chmod u+x vlook 阅读全文

摘要： 最近需要整理重测序文件上传至NCBI，需要批量计算文件md5值。于是有了这篇随笔记录。 将以下代码保存，修改path设置为需要修改的文件夹的绝对路径，即可使用 #coding=utf-8 #代码含有中文注释，第一行代码不可删除，否则某些系统会导致报错 #该py脚本用于批量处理单个文件夹下大文件的md 阅读全文

摘要： SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of genetic variants (such as amino acid changes). 一、安 阅读全文

摘要： #快速向前/向后删除错误指令串 [ctrl]+u/[ctrl]+k #光标控制快速向最前/向最后 [ctrl]+a/[ctrl]+e #快速清屏，效果等于clear [ctrl]+l #输出当前shell程式类型 echo $SHELL #输出上一个指令是否成功执行，成功执行返回0 echo $? 阅读全文

摘要： 使用vim创建脚本文件 vim shellname 将如下代码拷贝其中，修改对应用户名、IP、密码、端口号，并保存 #!/usr/bin/expect -f set user 服务器账号用户名 set host 服务器IP set password 用户密码 set timeout -1 spawn 阅读全文

摘要： 更多VCF格式详细信息参见http://samtools.github.io/hts-specs/VCFv4.2.pdf ##为header line，注释信息 #为data line，表头信息： CHROM - chromosome POS - position ID - identifier R 阅读全文

摘要： 一、使用RepeatMasker进行基因组重复序列注释 1、安装conda2、预选安装依赖库包，安装RepeatMasker，下载Repbase并解压至～/RepeatMasker/Libraries目录下面，配置./configure，完成。设置环境变量PATH，或者绝对路径使用RepeatMas 阅读全文

摘要： 一、conda安装 wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh bash Miniconda3-la 阅读全文