pd_liu - 博客园

2022年8月31日

摘要： TGS代表Third Generation Sequence，TGS-GapCloser可以使用ONT reads、HiFi reads或者是初步组装的contigs进行基因组的gap filling。此外，该工具可调用racon以及pilon处理原始reads，因此也可以输入三代的raw rea 阅读全文

posted @ 2022-08-31 21:12 pd_liu 阅读(5226) 评论(0) 推荐(0)

GMcloser安装及使用

摘要： GMcloser, a tool that accurately closes genomic gaps with a preassembled contig set or a long read set (i.e., error-corrected PacBio reads). PS：本文采用co 阅读全文

posted @ 2022-08-31 16:43 pd_liu 阅读(359) 评论(0) 推荐(0)

linux前后台任务切换

摘要：有些程序运行时间太长，或者上传下载数据太慢，可以将其从前台运行转入后台。一、前台转后台暂停当前任务 [ctrl] + z 查看job号 jobs 可以看到[1]、[2]两个任务已暂停将2号任务挂到后台运行 bg %2 二、后台转前台将[1]号任务转入前台 fg %1 使用组合键终止运行 [c 阅读全文

posted @ 2022-08-31 10:16 pd_liu 阅读(424) 评论(0) 推荐(0)

fasta与fastq格式转换常用方式

摘要： fasta与fastq之间格式转换一、awk命令 #1 awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' XXX.fastq > XXX.fasta #2 awk 'NR%4==1||NR%4==2' self 阅读全文

posted @ 2022-08-31 09:19 pd_liu 阅读(2415) 评论(0) 推荐(1)

Linux统计文件数量

摘要：使用一套ls、grep、wc组合拳，结合管道符，查询文件、文件夹数目。一、ls使用-l参数，以便于统计统计当前目录下文件个数 ls -l | grep "^-" | wc -l 统计当前目录下文件夹个数 ls -l | grep "^d" | wc -l 二、增加使用-R参数时，会递归列出文件树阅读全文

posted @ 2022-08-31 08:45 pd_liu 阅读(914) 评论(0) 推荐(0)

2022年8月30日

PBJelly安装及使用

摘要： PBJelly是一款用于基因组Gap filling的软件，通过将三代reads比对到sccofolds进行连接补洞。Github地址：PBJelly。一、安装#创建Python环境，python=2.7 conda create -n python2.7 python=2.7 #配置依赖包 co 阅读全文

posted @ 2022-08-30 20:51 pd_liu 阅读(535) 评论(0) 推荐(0)

NECAT安装及使用

摘要： NECAT，一款适合ONT Reads的组装工具，能够实现gap-free或者near gap-free的组装水平。配置好config文件后，NECAT的使用相当方便。Gihub地址：NECAT 一、安装此处使用的2019年的版本 wget https://github.com/xiaochuan 阅读全文

posted @ 2022-08-30 14:14 pd_liu 阅读(493) 评论(0) 推荐(0)

2022年8月27日

使用nohup后台挂起执行命令

摘要：使用nohup后台挂起执行命令，即使终端退出也不会导致运行程序中断。适用于服务器上跑程序。默认情况下会输出nohup.out文件。一、用法说明如下 nohup [Command] [ Arg … ] & 其中command为要执行的命令；Arg为一些参数设置，可通过重定向设置输出位置；&使命令在后阅读全文

posted @ 2022-08-27 17:36 pd_liu 阅读(1151) 评论(0) 推荐(0)

linux输出文件名（不带后缀）

摘要：在ncbi上传数据时，需要填写biosample_name，通过shell命令快速输出样本名称。一、通过如下命令提取指定后缀的去后缀文件名 for i in *_1.fq.gz;do basename $i '_1.fq.gz';done #遍历当前目录下的所有带_1.fq.gz后缀的文件，输出不阅读全文

posted @ 2022-08-27 15:28 pd_liu 阅读(1408) 评论(0) 推荐(0)

使用find命令查询输出目录下特定文件名

摘要：由于上传ncbi填写文件名时，二代测序的paired reads文件需要分开file1、file2填写，而单个样本由*_1.fq.gz以及*_2.fq.gz组成因此需要分开输出对应文件名以便复制拷贝到表格中填写。下图所示如样本AQ2由AQ2_1.fq.gz以及AQ2_2.fq.gz组成使用fin 阅读全文

posted @ 2022-08-27 15:09 pd_liu 阅读(216) 评论(0) 推荐(0)

liuxin

公告