摘要：
Mac系统12.X版本需要安装chemdraw v20及以上。 https://github.com/Z-H-Sun/CS_CCME_Posts/blob/hidden/cos/cdm2.md 一、准备工作 软件下载地址：https://pan.baidu.com/s/1SDZCriXsxPZvcH 阅读全文
摘要：
https://github.com/lh3/psmc #path export GNUPLOT_PS_DIR="/usr/share/gnuplot/gnuplot/5.2/PostScript" export ngsdir="" export sample="" export ref="" ex 阅读全文
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Circos玩多了难免会视觉疲劳，今天换一个新工具可视化，回到直条的染色体形式。 https://www.jianshu.com/p/07ae1fe18071 https://cran.r-project.org/web/packages/RIdeogram/vignettes/RIdeogram. 阅读全文
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文献 Li, P., Quan, X., Jia, G. et al. RGAugury: a pipeline for genome-wide prediction of resistance gene analogs (RGAs) in plants. BMC Genomics 17, 852 阅读全文
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split-hit设置过高 max_dna_len设置过大 内存不够 设置调低即可 阅读全文
摘要：
一、数据获取 物种间的基因家族扩张收缩分析一般以蛋白序列来做。目标物种的蛋白序列可以从ncbi、esemble、JGI等数据库获取。 二、数据处理 各个数据库间的注释信息等可能存在差异，获取后需要提取最长蛋白序列，简化id，否则会影响提取同源单拷贝基因等后续分析。关于提取最长蛋白序列，网上脚本很多。 阅读全文
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摘录自：http://events.jianshu.io/p/7c594d01fede 记录circos输入文件的准备过程。 ##染色体长度文件 perl ~/biosoft/bin/getFalen.pl -i MAH1.fa -o mac1s.lens ##制作滑动窗 bedtools make 阅读全文
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https://darencard.net/blog/2017-05-16-maker-genome-annotation/ https://www.jianshu.com/p/2c5ce139705b #统计基因模型总长度、数目及平均基因长度 cat maker_rnd3.gff | awk '{ 阅读全文
摘要：
wget https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Mambaforge-pypy3-Linux-x86_64.sh bash Mambaforge-pypy3-Linux-x86_64.sh 阅读全文
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https://www.cnblogs.com/johnsonzzz/p/15151634.html https://github.com/YangJianshun/LINKVIEW 可以绘制两个基因组、三个基因组的染色体水平的共线性关系。 按染色体配置比对文件参数，配置-k参数可以调整染色体的位置 阅读全文