NECAT安装及使用

NECAT，一款适合ONT Reads的组装工具，能够实现gap-free或者near gap-free的组装水平。配置好config文件后，NECAT的使用相当方便。Gihub地址：NECAT

一、安装

此处使用的2019年的版本

wget https://github.com/xiaochuanle/NECAT/releases/download/v0.01/necat_20190307_linux_amd64.tar.gz
tar xzvf necat_20190307_linux_amd64.tar.gz
export PATH=$PATH:/home/liuxin/NECAT/Linux-amd64/bin

二、使用

STEP1:创建config文件

necat.pl config /home/liuxin/cbp_config.txt

vim cbp_config.txt 主要修改如下参数,其余参数不动

#设置项目相关信息
PROJECT=capsella
ONT_READ_LIST=read_list.txt
GENOME_SIZE=340000000
THREADS=16
MIN_READ_LENGTH=3000

#设置多节点同时运行
USE_GRID=true
GRID_NODE=4

配置read_list.txt文件存储包含下机reads文件的全路径，如下所示

/home/liuxin/DATA/cbp_data/reads/cbp.ccs.fasta

STEP2:Correct raw reads

对原始reads进行自校正深度有限制，详情见官方文档

necat.pl correct /home/liuxin/cbp_config.txt

STEP3:Assemble contigs

necat.pl assemble /home/liuxin/cbp_config.txt

STEP4:Bridge contigs

necat.pl bridge cbp_config.txt

#更多细节见NECAT