摘要：
碰到公司交付百度云数据时，真的是让人抓狂。 不仅是因为需要下载到本地再本地到服务器这样倒腾，还因为百度云限速慢到离谱不得不开会员。 不过还好有bypy，通过利用百度云提供的API，可以直接打通网盘到服务器的数据传输。 一、安装 #安装 pip install bypy #授权 python -m b 阅读全文
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pbmm2支持pbcbio的bam文件输入，对hifi数据非常友好。 deepvariant据文献说是目前变异识别更为准确的一款软件。 参考链接 https://anaconda.org/bioconda/deepvarianthttps://github.com/PacificBioscience 阅读全文
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merqury github 一、安装 conda create -n merqury -c bioconda -c conda-forge merqury conda activate merqury Rscript $MERQURY/plot/plot_spectra_cn.R --help m 阅读全文
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References 数据来源：https://banana-genome-hub.southgreen.fr/organism/1?tripal_pane=group_data 官方文档：https://wgdi.readthedocs.io/en/latest/Introduction.html 阅读全文
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参考链接 Bilibili教学视频 https://wgdi.readthedocs.io/en/latest/Introduction.html https://blog.csdn.net/u012110870/article/details/113544271 一、原始数据 Acoerulea_ 阅读全文
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今天跟着NCB的这篇文章学习circos作图各个模块的配置方法。关于circos.conf部分稍做了修改，使各个模块独立，结构更加清晰。作图代码及数据均来自于作者Github。其中配置contig组成展示的部分值得学习。 ### 作图代码： https://github.com/institut-d 阅读全文
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脚本说明：对blocks文件进行批量颜色标注。 一、输入文件说明 从blocks文件中整理出需要高亮的目标基因按如下格式保存为highlight.gene.id Ma07_t18590.1 Ma07_t18650.1 Ma07_t18570.1 Ma07_t18560.1 Ma07_t18640.1 阅读全文
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文献如下，今天再读文献时，发现这篇文章是给出了原始数据甚至作图代码的，于是前来follow复现一下其中的图4A。主要是学一下数据处理及格式转换部分。 Belser C, Baurens FC, Noel B, Martin G, Cruaud C, Istace B, Yahiaoui N, Lab 阅读全文
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circos installation 一、安装 官网下载后解压即可使用 wget http://circos.ca/distribution/circos-0.69-6.tgz tar xzf circos-0.69-6.tgz cd circos-0.69 export PATH=$PATH:~ 阅读全文
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conda安装的augustus总是存在问题，使用apt安装到全局目录下更省事。 http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/tutorial/training.html#meta https://github.com/Gaius-August 阅读全文