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摘要： circos installation 一、安装 官网下载后解压即可使用 wget http://circos.ca/distribution/circos-0.69-6.tgz tar xzf circos-0.69-6.tgz cd circos-0.69 export PATH=$PATH:~ 阅读全文

摘要： conda安装的augustus总是存在问题，使用apt安装到全局目录下更省事。 http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/tutorial/training.html#meta https://github.com/Gaius-August 阅读全文

摘要： RepBaseRepeatMaskerEdition-20181026版本（没有找到更新的版本，凑活用） 链接: https://pan.baidu.com/s/1rbXKWRTgk952t9KrPURDpQ 提取码: 04k6 上传至服务器后解压，会产生一个Libraries目录包含有所需的重复序 阅读全文

摘要： 官网http://mama.indstate.edu/users/ice/tree/ 一、安装 最简单的方式是通过apt-get安装，但是我在服务器上尝试的时候始终定位不到包，因此通过手动安装。 cd ~/biosoft wget http://mama.indstate.edu/users/ice 阅读全文

摘要： genomescope2.0 一、安装 conda create -n jellyfish jellyfish 二、使用 conda activate jellyfish bash jellyfish.sh #脚本文件如下 #!/bin/bash #program: #run jellyfish t 阅读全文

摘要： 参考自 gffread github https://github.com/andreaminio/AnnotationPipeline-EVM_based-DClab/blob/master/Pipeline/022_RNAseq_assembly.md 一、安装 cd ～/biosoft git 阅读全文

摘要： 参考自 stringtie github https://github.com/andreaminio/AnnotationPipeline-EVM_based-DClab/blob/master/Pipeline/022_RNAseq_assembly.md https://github.com/ 阅读全文

摘要： HISAT2用于转录组数据比对参考基因组。 参考自： hisat2 github https://github.com/andreaminio/AnnotationPipeline-EVM_based-DClab 一、安装 conda create -n rnaseq -c bioconda his 阅读全文

摘要： http://topaz.gatech.edu/GeneMark/license_download.cgihttps://groups.google.com/g/maker-devel/c/P3rv1CzjkuUhttps://cloud.tencent.com/developer/article/ 阅读全文

摘要： Trinity，主要完成转录组数据的从头拼接，获得长的转录本序列。安装及使用非常简单。 官网：trinityrnaseq 一、安装 #依赖比较多，不建议手动安装。建议创建单独环境使用conda一键安装trinity，这样所有的依赖包都会自动安装完成。但需要注意conda安装的版本不是最新版本。 co 阅读全文