小鲨鱼2018

2024年6月23日

摘要： ascp -QT -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -l 1000M -k 1 -T anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/nr.00.tar.gz ./ 002 ascp -QT -i ~/. 阅读全文

posted @ 2024-06-23 10:22 小鲨鱼2018 阅读(327) 评论(0) 推荐(0)

--split-files、--split-3

摘要： 001、 --split-files：所有情况 --split-3：双端 –split-spot: 将双端测序分为两份，存放在同一个文件中–split-files: 将双端测序分为两份，存放在不同的文件，但是对于一方有而一方没有的reads直接丢弃–split-3 : 将双端测序分为两份，存放在不同阅读全文

posted @ 2024-06-23 09:58 小鲨鱼2018 阅读(94) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中 wget -c -t选项

摘要： 001、 -c 选项表示中断后继续下载，即支持断点续传。 002、 -t选项表示失败后尝试的次数。阅读全文

posted @ 2024-06-23 01:50 小鲨鱼2018 阅读(38) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中根据SRA号获取下载链接

摘要： 001、使用srapath命令 [root@PC1 test2]# srapath SRR1482463 https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/SRR1482463/SRR1482463 [root@PC1 test2]# srapath SRR1 阅读全文

posted @ 2024-06-23 01:41 小鲨鱼2018 阅读(44) 评论(0) 推荐(0)

2024年6月17日

Linux 中find命令未找到时不显示错误信息

摘要： 001、 [root@pc1 test]# ls a.txt b.txt c.txt d.txt e.txt f.txt g.txt h.txt index.txt [root@pc1 test]# cat index.txt ## 查找的索引文件 a.txt b.txt x.txt y.txt c 阅读全文

posted @ 2024-06-17 10:53 小鲨鱼2018 阅读(285) 评论(0) 推荐(0)

2024年6月12日

fastq数据的ncbi上传

摘要： 000、上传前注册了ORCID账号 001、打开NCBI官网，然后点击submit 002、点击SRA 003、 004、 005、 006、 007、 008、 009、 010、 011、注：*organism列批量多个样品时，可加-1、-2……进行区分，否则上传时提示失败。示例信息如下阅读全文

posted @ 2024-06-12 10:03 小鲨鱼2018 阅读(148) 评论(0) 推荐(0)

2024年6月11日

dos中如何获取当前的工作路径以及改变工作路径

摘要： 001、获取当前的工作路径： set current_dir=%cd% echo %current_dir% 。 002、改变工作路径 cd C:\Users\ljx\Desktop\test 。阅读全文

posted @ 2024-06-11 17:13 小鲨鱼2018 阅读(208) 评论(0) 推荐(0)

2024年6月8日

Linux 中date命令

摘要： date主要用于显示日期，若是不以加号作为开头，则表示要设定时间，而时间格式为 MMDDhhmm[[CC]YY][.ss]，其中 MM 为月份，DD 为日，hh 为小时，mm 为分钟，CC 为年份前两位数字，YY 为年份后两位数字，ss 为秒数。 001、最基本的用法 [root@PC1 test2 阅读全文

posted @ 2024-06-08 12:47 小鲨鱼2018 阅读(469) 评论(0) 推荐(0)

2024年6月6日

Linux 中根据某一列的内容拆分文件（指定列内容重复的保存为一个文件，先生成唯一的文件名）

摘要： 001、 [root@PC1 test2]# ls a.txt [root@PC1 test2]# cat a.txt 01 aa 02 03 04 aa 05 06 07 bb 08 09 10 bb 11 12 13 aa 14 15 16 bb 17 18 19 cc 20 21 22 cc 阅读全文

posted @ 2024-06-06 23:52 小鲨鱼2018 阅读(67) 评论(0) 推荐(0)

Linux中sed命令b选项屏蔽指定的处理区域

摘要： 001、Linux中sed命令b选项屏蔽指定的处理区域 [root@pc1 test2]# ls a.txt [root@pc1 test2]# cat a.txt ## 测试数据 1 01 02 a 2 03 04 a 3 05 06 a 4 07 08 5 09 10 k 6 11 12 a 7 阅读全文

posted @ 2024-06-06 12:01 小鲨鱼2018 阅读(58) 评论(0) 推荐(0)

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