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001、软件安装过程中autogen.sh文件的作用 (base) [root@pc1 vcftools-0.1.16]# ls ## 原始解压后的文件， 有autogen.sh autogen.sh configure.ac LICENSE README.md vcftools-0.1.16.ta 阅读全文
posted @ 2024-05-13 09:22
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选择信号分析 XPEHH 检测 001、对要检测的vcf文件进行phasing [root@pc1 XP-EHH]# ls ## 原始文件 clean.vcf [root@pc1 XP-EHH]# java -jar /home/software/beagle/beagle.01Mar24.d36. 阅读全文
posted @ 2024-05-12 23:01
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001、未定相 [root@PC1 test2]# ls test1.vcf test2.vcf [root@PC1 test2]# grep -v "^#" test1.vcf | head | cut -f 1-16 ## 为定相是斜杠 1 55910 s64199.1 G . . . PR G 阅读全文
posted @ 2024-05-12 21:52
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在一些场景下，会遇到指定目录中出现大量的以数字命名的文件或者目录，如何实现批量删除： 001、 [root@PC1 test2]# ls ## 测试文件及目录，如何删除所有的 以数字命名的文件和目录 1 20 29 74 8 9 a.txt b.txt dir11 [root@PC1 test2]# 阅读全文
posted @ 2024-05-12 21:13
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001、直接拆分 [root@PC1 test2]# ls outcome.map [root@PC1 test2]# cat outcome.map ## 准备一个测试文件，依据第一列来拆分文件 1 snp1 0 55910 1 snp2 0 85204 1 snp3 0 122948 2 snp 阅读全文
posted @ 2024-05-12 21:13
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phasing 是什么？ phasing就是将二倍体生物的等位基因归类到不同的染色体上。 比如一个个体一个位点的基因型是A-G；另一个位点的基因型是T-C; 那么第一个位点和第二个位点中哪两个等位基因是来自一条染色体？ 哪两个是来自另一条染色体？、 一种情况如下： 第一个位点的A和第二个位点的T来自 阅读全文
posted @ 2024-05-12 17:46
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001、beagle软件官网：https://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle.html 002、下载最新版本： 003、赋予执行权限，并测试 [root@pc1 beagle]# ls beagle.01Mar24.d36.jar [roo 阅读全文
posted @ 2024-05-12 17:16
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001、 reference: 01：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzkyOTMzODM3MA==&mid=2247485443&idx=1&sn=3da20ff3697c84925ad4ff580ff99bc2&chksm=c20a4d6ef57dc478a6 阅读全文
posted @ 2024-05-12 10:26
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那会突然想到一个问题，如何每隔一段时间执行特定的程序。想到了如下的一种方法： 测试如下： 一个小问题，比如 每隔5秒统计一个特定文件的行数 001、 [b20223040323@admin1 test]$ ls false.gff pan.fna pan.fna.fai record.sh true 阅读全文
posted @ 2024-05-09 00:30
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在Linux系统中： 0 表示标准输入； 1表示标准输出； 2表示标准错误输出； 2＞&1 表示将标准错误输出重定向到标准输入； 举一个例子： a、不将标准错误输出 重定向到标准输入中。 [root@PC1 gffread-0.12.7.Linux_x86_64]# xxx ## 在终端随机输入一个 阅读全文
posted @ 2024-05-08 00:17
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