小鲨鱼2018

2021年11月2日

摘要： 1、统计每行中特定字符出现的次数 root@PC1:/home/test/test# cat a.txt w d t i d g e d t c d t j k j j k k k j root@PC1:/home/test/test# awk '{print gsub(/d/,"&")}' a.t 阅读全文

posted @ 2021-11-02 18:51 小鲨鱼2018 阅读(4123) 评论(0) 推荐(0)

linux 系统 awk命令统计字符出现的次数

摘要： 1、测试数据 root@PC1:/home/test/test# cat a.txt w d t d g e t c d root@PC1:/home/test/test# awk -v RS="@#$j" '{print gsub(/d/,"&")}' a.txt ##RS是输出分割符，定义特殊分阅读全文

posted @ 2021-11-02 18:44 小鲨鱼2018 阅读(1207) 评论(0) 推荐(0)

2021年11月1日

R语言生成plink测试数据

摘要： 1、 result1 <- data.frame(1:100) for (i in 1:10) { temp1 <- sample(c("A", "C", "G", "T"), 2, replace = F) temp2 <- sample(c(temp1[1], temp1[2]), 100, r 阅读全文

posted @ 2021-11-01 22:46 小鲨鱼2018 阅读(178) 评论(0) 推荐(0)

R语言中apply函数

摘要： R语言中apply函数，可以实现批量对矩阵、数据框的行或者列进行各种处理。 apply的第一个参数指定操作对象，第二个参数指定对行还是列进行操作，第三个参数指定操作类型 1、示例1 a1 <- c(4,2,1,6) a2 <- c(3,2,3,6) a3 <- c(2,1,4,8) dat <- 阅读全文

posted @ 2021-11-01 10:54 小鲨鱼2018 阅读(1292) 评论(0) 推荐(0)

R语言中rnorm函数

摘要： R语言中rnorm函数用于产生服从正态分布的随机数。（r：random， norm： normal） 1、直接使用，默认产生平均数为0，标准差为1的随机数。 dat <- rnorm(30) dat mean(dat) sd(dat) 2、可以设定平均数 dat <- rnorm(30,5) ## 阅读全文

posted @ 2021-11-01 10:26 小鲨鱼2018 阅读(8026) 评论(0) 推荐(0)

2021年10月31日

R语言中矩阵运算

摘要： 1、加减（矩阵加减只能在同维度矩阵之间进行，即行列数相同） a1 <- c(2, 3, 5, 1, 7, 4, 8, 4, 2) a2 <- c(3, 1, 3, 1, 4, 8, 4, 3, 4) m1 <- matrix(a1, nrow = 3, byrow = T) m2 <- matrix 阅读全文

posted @ 2021-10-31 21:08 小鲨鱼2018 阅读(1854) 评论(0) 推荐(0)

R语言实现计算两个向量的协方差、标准差、皮尔逊相关系数

摘要： 1、协方差协方差：两个向量每一项与各自平均数只差的对应项乘积之和的平均数。方差：每一项与平均数只差的平方的平均数。标准差：方差开平方皮尔逊相关系数：两个向量的协方差除以两个向量的标准差的乘积。 a <- c(1, 3, 7, 8) b <- c(12, 15, 16, 18) su 阅读全文

posted @ 2021-10-31 19:28 小鲨鱼2018 阅读(2569) 评论(0) 推荐(0)

R语言统计 plink格式数据样本缺失率

摘要： 1、R脚本 dir() dat <- read.table("outcome.ped") dat id <- dat[,2] dat <- dat[, -(1:6)] result <- data.frame() for (i in 1:nrow(dat)) { count = 0 for (j i 阅读全文

posted @ 2021-10-31 18:16 小鲨鱼2018 阅读(156) 评论(0) 推荐(0)

linux shell 统计plink格式样本缺失率

摘要： 1、shell脚本 [root@centos79 test]# cat test.sh #!/bin/bash ## step1 for i in $(seq `sed -n "$=" $1`); do sed -n "$i"p $1 | cut -d " " -f 7- | grep -o "0" 阅读全文

posted @ 2021-10-31 18:00 小鲨鱼2018 阅读(86) 评论(0) 推荐(0)

plink + R PCA绘图自动设定颜色

摘要： 1、plink脚本 plink --file outcome --pca 3 header tabs --sheep --out pcatest > /dev/null; rm *.log *.nosex 2、R绘图 dir() dat <- read.table("pcatest.eigenvec 阅读全文

posted @ 2021-10-31 17:00 小鲨鱼2018 阅读(447) 评论(0) 推荐(0)

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