小鲨鱼2018

2021年11月21日

摘要： 1、合并所有的.txt文件 root@PC1:/home/test# ls ## 测试数据 a.txt b.txt c.txt d.csv e.csv txt_combine.py root@PC1:/home/test# head a.txt b.txt c.txt d.csv e.csv ## 阅读全文

posted @ 2021-11-21 11:10 小鲨鱼2018 阅读(66) 评论(0) 推荐(0)

python遍历指定类型的文件

摘要： 1、遍历以特定字符结尾的文件 root@PC1:/home/test# ls ## 测试文件类型 out1.csv out1.ped out2.csv out2.ped out3.csv out3.ped test1.txt test2.txt test3.txt traverse_file.py 阅读全文

posted @ 2021-11-21 10:57 小鲨鱼2018 阅读(424) 评论(0) 推荐(0)

2021年11月20日

python中查看当前工作目录、修改工作目录、列出当前目录下的所有文件、创建目录

摘要： 1、查看当前工作目录 >>> import os ## 导入os包 >>> os.getcwd() ## 查看当前工作目录 'D:\\programs\\python\\Lib\\idlelib' 2、修改工作目录 >>> os.chdir("C:\\Users\\75377\\Desktop\\p 阅读全文

posted @ 2021-11-20 21:29 小鲨鱼2018 阅读(3435) 评论(0) 推荐(0)

python3 从gff文件提取指定基因信息

摘要： 1、测试数据下载：ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-44/gff3/arabidopsis_thaliana/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.44.chromosome.1.gff3.gz 2、测试： root@P 阅读全文

posted @ 2021-11-20 12:43 小鲨鱼2018 阅读(1162) 评论(0) 推荐(0)

python3 中读取、写入文件实现替换指令示例

摘要： 1、测试 root@PC1:/home/test# ls a.txt test.py root@PC1:/home/test# cat a.txt ## 测试数据 gataaaaaataaatagaaacaaaatcactgaagaaCCAGTGTGCCTGCTCAGGTCAGATGAAGCCAGA 阅读全文

posted @ 2021-11-20 11:16 小鲨鱼2018 阅读(252) 评论(0) 推荐(0)

2021年11月19日

python3中提取包含特定字符的行

摘要： 1、测试 root@PC1:/home/test# ls a.txt test.py root@PC1:/home/test# cat a.txt ## 测试数据 a 3 d s 1 j z c m q e i 3 4 k h f 3 root@PC1:/home/test# cat test.py 阅读全文

posted @ 2021-11-19 23:27 小鲨鱼2018 阅读(285) 评论(0) 推荐(0)

shell 和 R 实现具有映射关系的数据的批量替换

摘要： 1、测试数据 root@PC1:/home/test# ls 5gene_CDs.bed id_mapping.txt root@PC1:/home/test# head -n 3 5gene_CDs.bed chr6 117609654 117609965 NM_001378891.1_cds_0 阅读全文

posted @ 2021-11-19 19:11 小鲨鱼2018 阅读(490) 评论(0) 推荐(0)

R语言中gsub使用示例记录

摘要： 1、测试1 > bed <- c("NM_001378891.1_cds_0_0_chr6_117609655_r","NM_001378891.1_cds_1_0_chr6_117622137_r") > bed [1] "NM_001378891.1_cds_0_0_chr6_117609655 阅读全文

posted @ 2021-11-19 18:24 小鲨鱼2018 阅读(314) 评论(0) 推荐(0)

python安装包国内镜像加速

摘要：示例： pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple jupyter 更新pip： python -m pip install --upgrade pip 阅读全文

posted @ 2021-11-19 12:08 小鲨鱼2018 阅读(214) 评论(0) 推荐(0)

2021年11月17日

R语言中如何清除向量中的NA、返回非NA的索引、返回指定项的索引

摘要： 1、测试 test <- c(2,NA,5, 8, NA, 10, 5) test test2 <- as.integer(na.omit(test)) ## 清除NA test2 test3 <- which(!is.na(test)) ## 返回非空的索引 test3 test4 <- whic 阅读全文

posted @ 2021-11-17 09:59 小鲨鱼2018 阅读(1292) 评论(0) 推荐(0)

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