小鲨鱼2018

2022年10月30日

摘要： 001、每行输出为4个碱基 [root@pc1 test]# ls test.fa [root@pc1 test]# cat test.fa >chr1 aatt cctt >chr2 ttgg aacc >chr3 TTCCGG [root@pc1 test]# awk '{if($0 ~ /^> 阅读全文

posted @ 2022-10-30 18:07 小鲨鱼2018 阅读(65) 评论(0) 推荐(0)

linux 中如何将一列数据转换为指定行的数据

摘要： 001、 [root@pc1 test]# cat a.txt 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 [root@pc1 test]# awk -v a=$(awk 'END{if(NR % 3 != 0) {printf("%d", NR / 3 + 1)} else {print NR / 阅读全文

posted @ 2022-10-30 00:31 小鲨鱼2018 阅读(97) 评论(0) 推荐(0)

2022年10月29日

linux 中如何将一列数据转换为指定列的数据

摘要： 001、 [root@pc1 test]# ls a.txt [root@pc1 test]# cat a.txt ## 测试数据 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ## 转换为两列数据 [root@pc1 test]# cat a.txt | paste -s -d " " | awk ' 阅读全文

posted @ 2022-10-29 23:46 小鲨鱼2018 阅读(218) 评论(0) 推荐(0)

Linux中如何实现将一列数据转换为一行数据

摘要： 001、paste -s 实现 [root@pc1 test]# ls a.txt [root@pc1 test]# cat a.txt 1 2 3 4 5 [root@pc1 test]# paste -s a.txt ## paste 将一列数据转换为一行数据 1 2 3 4 5 [root@p 阅读全文

posted @ 2022-10-29 23:26 小鲨鱼2018 阅读(1089) 评论(0) 推荐(0)

gatk 对多个样本的g.vcf文件进行合并、进行变异检测

摘要： 001、 gatk CombineGVCFs -R GCF_000001735.4_TAIR10.1_genomic.fna --variant SRR21814498.g.vcf --variant SRR21814509.g.vcf --variant SRR21814514.g.vcf -O 阅读全文

posted @ 2022-10-29 01:23 小鲨鱼2018 阅读(5908) 评论(0) 推荐(0)

linux 中如何在指定行后面插入内容

摘要： 001、 [root@pc1 test]# ls a.txt [root@pc1 test]# cat a.txt ## 测试数据 1 2 3 4 5 6 [root@pc1 test]# sed '3a xx' a.txt ## 在第3行后面插入内容 1 2 3 xx 4 5 6 阅读全文

posted @ 2022-10-29 01:19 小鲨鱼2018 阅读(279) 评论(0) 推荐(0)

python 中统计文件的行数

摘要： 001、 [root@pc1 test]# ls a.txt test.py [root@pc1 test]# cat a.txt 1 2 3 4 5 [root@pc1 test]# cat test.py #!/usr/bin/python in_file = open("a.txt", "r" 阅读全文

posted @ 2022-10-29 00:40 小鲨鱼2018 阅读(67) 评论(0) 推荐(0)

2022年10月28日

python 中实现向列表的最后一位或者最后两位之前插入元素

摘要： 001、 >>> list1 ## 测试列表 [1, 2, 3, 4, 5] >>> list1.insert(-1,"xxx") ## 在列表最后以为之前插入数据 >>> list1 [1, 2, 3, 4, 'xxx', 5] >>> list1.insert(-2,"kkk") ## 在列表最阅读全文

posted @ 2022-10-28 18:24 小鲨鱼2018 阅读(114) 评论(0) 推荐(0)

linux 中查找过去一段时间内被修改过的文件

摘要： 001、 [root@pc1 test]# ls a.txt b.txt c.txt [root@pc1 test]# ll -h ## 测试文件 total 4.0K -rw-r--r--. 1 root root 0 Oct 28 16:36 a.txt -rw-r--r--. 1 root r 阅读全文

posted @ 2022-10-28 16:43 小鲨鱼2018 阅读(111) 评论(0) 推荐(0)

linux 中find命令忽略大小写进行查找

摘要： 001、 [root@pc1 test]# ls a.txt A.TXT b.txt B.TXT [root@pc1 test]# find ./ -name "a.txt" ## 查找a.txt ./a.txt [root@pc1 test]# ls a.txt A.TXT b.txt B.TXT 阅读全文

posted @ 2022-10-28 16:32 小鲨鱼2018 阅读(311) 评论(0) 推荐(0)

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