小鲨鱼2018

2023年5月19日

摘要： 001、 [liujiaxin01@PC1 ~]$ docker image ls REPOSITORY TAG IMAGE ID CREATED SIZE ezlabgva/busco v5.4.7_cv1 a8c866d3a435 2 weeks ago 2.36GB brentp/smoove 阅读全文

posted @ 2023-05-19 11:42 小鲨鱼2018 阅读(32) 评论(0) 推荐(0)

cmake 和 make

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posted @ 2023-05-19 11:06 小鲨鱼2018 阅读(19) 评论(0) 推荐(0)

2023年5月17日

ubuntu22.04 中安装busco

摘要： https://busco.ezlab.org/busco_userguide.html#conda-package 001、 conda install -c conda-forge -c bioconda busco=5.4.7 阅读全文

posted @ 2023-05-17 23:52 小鲨鱼2018 阅读(163) 评论(0) 推荐(0)

centos7 中安装 busco

摘要： 001、系统 [root@PC1 software]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.9.2009 (Core) 002、python版本 [root@PC1 software]# python3 --version Python 3. 阅读全文

posted @ 2023-05-17 23:33 小鲨鱼2018 阅读(132) 评论(0) 推荐(0)

conda 中列出已经创建的环境、进入及退出

摘要： 001、列出所有环境 [root@PC1 software]# conda info -e # conda environments: # base * /root/anaconda3 busco-py3.7 /root/anaconda3/envs/busco-py3.7 002、进入指定环境 [ 阅读全文

posted @ 2023-05-17 21:36 小鲨鱼2018 阅读(410) 评论(0) 推荐(0)

ubuntu22.04中配置静态IP

摘要： 001、进入该目录 root@utuntu01:~# cd /etc/netplan/ ## 进入该目录 root@utuntu01:/etc/netplan# ls 01-network-manager-all.yaml root@utuntu01:/etc/netplan# 002、备份配置文件阅读全文

posted @ 2023-05-17 20:58 小鲨鱼2018 阅读(9367) 评论(0) 推荐(0)

2023年5月16日

python 中 read_table 函数

摘要： 001、 [root@PC1 test3]# ls a.txt [root@PC1 test3]# cat a.txt ## 测试文件 10 2 3 0 3 6 6 12 1 1 5 1 2 2 2 4 2 26 8 3 33 34 5 3 [root@PC1 test3]# python ## 启阅读全文

posted @ 2023-05-16 23:54 小鲨鱼2018 阅读(226) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中 shell 脚本实现根据gff 计算每一个基因的最长转录本

摘要： 001、生成基因名称的列表 awk -F "\t" '$3 == "gene" && $NF ~ /gene=/ {print $NF}' chr1.gff | sed 's/$.*$$gene=[^;]\+$$.*$/\2/' | sort | uniq > gene.list 002 阅读全文

posted @ 2023-05-16 22:27 小鲨鱼2018 阅读(240) 评论(0) 推荐(0)

linux 中 sed命令实现仅保留匹配字段的内容

摘要： 001、 [root@PC1 test4]# ls a.txt [root@PC1 test4]# cat a.txt ## 测试数据 gbkey=mRNA;gene=ATP5O;model;evidence;Supporting [root@PC1 test4]# sed 's/$.*$\(g 阅读全文

posted @ 2023-05-16 18:34 小鲨鱼2018 阅读(601) 评论(0) 推荐(0)

linux 中给pip配置源

摘要： 001、 [root@PC1 ~]# pip config list 002、 [root@PC1 ~]# cd ~ [root@PC1 ~]# ls -a . .bash_history .bashrc .cshrc Documents .ICEauthority Music Public .tc 阅读全文

posted @ 2023-05-16 01:07 小鲨鱼2018 阅读(849) 评论(0) 推荐(0)

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