python - 随笔分类(第11页) - 小鲨鱼2018

python中统计字符串多个字符同时出现的次数

摘要：001、 >>> str1 = "abcdabaewr" ## 测试字符串 >>> import re >>> len(re.findall("a", str1)) ## 统计a出现的次数 3 >>> len(re.findall("b", str1)) ## 统计b出现的次数 2 >>> len( 阅读全文

posted @ 2022-08-11 19:35 小鲨鱼2018 阅读(379) 评论(0) 推荐(0)

python 中计算fasta文件中每一条序列的G、C含量

摘要：001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta test.py (base) root@PC1:/home/test2# cat a.fasta ## 测试fasta文件 >gene1 myc AGCTGCCTAAGC GGCATAGCTAATCG >gen 阅读全文

posted @ 2022-08-11 19:24 小鲨鱼2018 阅读(155) 评论(0) 推荐(0)

python中实现将fasta保存为字典

摘要：001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta test.py (base) root@PC1:/home/test2# cat a.fasta ## 测试fasta文件 >gene1 myc AGCTGCCTAAGC GGCATAGCTAATCG >gen 阅读全文

posted @ 2022-08-11 19:07 小鲨鱼2018 阅读(127) 评论(0) 推荐(0)

使用python根据SNP变异检测vcf文件中的碱基突变信息并替换参考基因组中相应位置的单碱基

摘要：001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta b.vcf test.py (base) root@PC1:/home/test2# cat a.fasta ## 测试fasta文件 >NC_000964.3 Bacillus subtilis subsp. 阅读全文

posted @ 2022-08-10 22:57 小鲨鱼2018 阅读(558) 评论(0) 推荐(0)

python 中根据基因位置信息在基因组fasta文件中获取对应的基因序列

摘要：001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta list.txt test.py (base) root@PC1:/home/test2# head a.fasta ## 基因组fasta文件 >NC_000964.3 Bacillus subtilis s 阅读全文

posted @ 2022-08-10 00:13 小鲨鱼2018 阅读(810) 评论(0) 推荐(0)

python 中列表内循环结构

摘要：001、列表中 >>> list1 = list(range(11,20)) >>> list1 ## 测试列表 [11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19] >>> select = [2, 3, 7] ## 索引 >>> [list1[k] for k in sele 阅读全文

posted @ 2022-08-09 22:48 小鲨鱼2018 阅读(313) 评论(0) 推荐(0)

使用python以滑动窗口方式统计基因组fasta文件中各序列的各碱基（如GC碱基）平均含量

摘要：001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta test.py (base) root@PC1:/home/test2# head a.fasta ## 测试数据 >scaffold_1 CCCGGGTAAAACGGGTCTTCAAGAAAACGCTCCTC 阅读全文

posted @ 2022-08-09 21:18 小鲨鱼2018 阅读(1021) 评论(0) 推荐(0)

python 中将文本中多个连续的制表符或空格替换为一个制表符

摘要：001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.txt test.py (base) root@PC1:/home/test2# cat a.txt ## 测试数据 e d d f k d d e k d f j e f j (base) root@PC1:/home/ 阅读全文

posted @ 2022-08-09 17:09 小鲨鱼2018 阅读(513) 评论(0) 推荐(0)

python 中将多个连续的字符替换为一个字符

摘要：001、 >>> import re ## 导入re包 >>> str = "aaaabbbbccccdddaaakkkk" ## 测试字符串 >>> re.sub(r"([ab])\1+", "Q", str) ## 将多个连续的a和b替换为一个Q 'QQccccdddQkkkk' 002、 >> 阅读全文

posted @ 2022-08-09 16:53 小鲨鱼2018 阅读(680) 评论(0) 推荐(0)

python 中实现文本的转置

摘要：001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls outcome.ped test.py (base) root@PC1:/home/test2# cat outcome.ped ## 测试文件 1 G G C C G G 2 G G G C G G 3 G G C C G 阅读全文

posted @ 2022-08-09 15:06 小鲨鱼2018 阅读(237) 评论(0) 推荐(0)

python 中文件打开后只能调用一次？？

摘要：001、 (base) root@PC1:/home/test2# cat outcome.ped ## 测试文件 1 G G C C G G 2 G G G C G G 3 G G C C G G 4 G G C C G G 5 G G C C G G 6 G G C C G G 7 G G C 阅读全文

posted @ 2022-08-09 15:00 小鲨鱼2018 阅读(179) 评论(0) 推荐(0)

python 中实现将fasta文件碱基按照每行指定数目输出

摘要：001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta test.py (base) root@PC1:/home/test2# cat a.fasta ## 测试数据 >scaffold_1 CCCGGGTAAAACGGGTCTTCAAGAAAACGCTCCTCC 阅读全文

posted @ 2022-08-09 13:04 小鲨鱼2018 阅读(148) 评论(0) 推荐(0)

python 中如何删除行首的空格或者tab

摘要：001、 (base) root@PC1:/home/test3# ls a.txt test.py (base) root@PC1:/home/test3# cat a.txt ## 测试数据 ddd ff ff jkj jj dffffffgg dgfggggg k fff iyyee (bas 阅读全文

posted @ 2022-08-09 12:45 小鲨鱼2018 阅读(557) 评论(0) 推荐(0)

python 中如何删除空行

摘要：001、 (base) root@PC1:/home/test3# ls a.txt test.py (base) root@PC1:/home/test3# cat a.txt ## 测试数据 ddd ff ff jkj jj dffffffgg dgfggggg (base) root@PC1: 阅读全文

posted @ 2022-08-09 12:40 小鲨鱼2018 阅读(728) 评论(0) 推荐(0)

python 中实现 fasta文件每一个scaffold的碱基按照一行输出

摘要：001、字典实现 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta test.py (base) root@PC1:/home/test2# cat a.fasta ## 测试数据 >scaffold_1 CCCGGGTAAAACGGGTCTTCAAGAAAACGCTC 阅读全文

posted @ 2022-08-09 11:41 小鲨鱼2018 阅读(99) 评论(0) 推荐(0)

pip install 慢的解决方法

摘要：001、问题 pip install慢 002、解决方法临时修改在 pip install 包名 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple。例如： pip install scipy -i https://pypi.tuna.tsinghua.ed 阅读全文

posted @ 2022-08-08 23:18 小鲨鱼2018 阅读(346) 评论(0) 推荐(0)

linux 中 conda创建虚拟环境的常规操作

摘要：001、 (base) root@ubuntu01pc1:~# conda --version conda 4.12.0 (base) root@ubuntu01pc1:~# python --version Python 3.9.12 002、创建python3.8环境 conda create 阅读全文

posted @ 2022-08-08 22:21 小鲨鱼2018 阅读(1623) 评论(0) 推荐(0)

pyhton 中 global关键字

摘要：001、python中global关键字将局部变量升级为全局变量 (base) root@PC1:/home/test# ls test.py (base) root@PC1:/home/test# cat test.py ## 测试脚本 #!/usr/bin/python def test_f 阅读全文

posted @ 2022-08-08 19:33 小鲨鱼2018 阅读(42) 评论(0) 推荐(0)

python 中局部变量和全局变量

摘要：001、局部变量：作用域仅限于函数内部。 (base) root@PC1:/home/test# ls test.py (base) root@PC1:/home/test# cat test.py ## 测试脚本 #!/usr/bin/python def test_fun(): ## 创建函数阅读全文

posted @ 2022-08-08 19:26 小鲨鱼2018 阅读(168) 评论(0) 推荐(0)

python中统计fasta文件大小分别在1000000bp、100000 bp、10000bp、1000bp以上的scaffolds的总个数及长度

摘要：001、 (base) root@PC1:/home/test# ls a.fasta test.py (base) root@PC1:/home/test# head a.fasta ## 测试fasta文件 >scaffold_1 CCCGGGTAAAACGGGTCTTCAAGAAAACGCTC 阅读全文

posted @ 2022-08-08 16:04 小鲨鱼2018 阅读(149) 评论(0) 推荐(0)

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