随笔分类 - python
摘要：001、 root@PC1:/home/test# ls a.fastq test.py root@PC1:/home/test# cat a.fastq ## 测试fastq文件 @DJB775P1:248:D0MDGACXX:7:1202:12362:49613 TGCTTACTCTGCGTTG
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摘要：001、 split + join实现 >>> str1 = 'abcdedfg' >>> str1 'abcdedfg' >>> str1.split('d') ## 拆分为列表 ['abc', 'e', 'fg'] >>> "".join(str1.split('d')) ## 组合成字符串 '
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摘要：001、 root@PC1:/home/test# ls a.fastq test.py root@PC1:/home/test# cat a.fastq ## 测试fastq文件 @DJB775P1:248:D0MDGACXX:7:1202:12362:49613 TGCTTACTCTGCGTTG
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摘要：001、 root@PC1:/home/test# ls a.fastq test.py root@PC1:/home/test# cat a.fastq ## 测试fastq文件 @DJB775P1:248:D0MDGACXX:7:1202:12362:49613 TGCTTACTCTGCGTTG
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摘要：001、 root@PC1:/home/test# ls a.fastq test.py root@PC1:/home/test# cat test.py ## 测试程序 #!/usr/bin/python in_file = open("a.fastq", "r") out_file = open
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摘要：001、 >>> set1 = {"a", "b", "c", "d"} ## 测试集合 >>> set1 {'c', 'a', 'd', 'b'} >>> set1.remove("d") ## 删除集合中的元素 >>> set1 {'c', 'a', 'b'} >>> set1.add(&qu
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摘要：001、 >>> dict1 = {"a":100, "b":200, "c":300, "d":400, "e":500} ## 测试字典 >>> dict1 {'a': 100, 'b': 200, 'c': 300, 'd': 400, 'e': 500} >>> dict1.get("b")
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摘要：001、利用内置函数update实现 >>> dict1 = {"a":100, "b":200} ## 测试字典1 >>> dict1 {'a': 100, 'b': 200} >>> dict2 = {"c":300, "d":400} ## 测试字典2 >>> dict2 {'c': 300,
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摘要：001、 直接利用索引实现 >>> test1 = {"a":100, "b":200, "c":300, "d":400} ## 测试字典 >>> test1 {'a': 100, 'b': 200, 'c': 300, 'd': 400} >>> test1["b"] = 8888 ## 更新字
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摘要：001、利用索引实现 >>> test1 = {"a":100, "b":200, "c":300, "d":400} ## 测试字典 >>> test1 {'a': 100, 'b': 200, 'c': 300, 'd': 400} >>> test1["e"] = 500 ## 直接利用索引实
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摘要：001、 >>> test1 = ["a", "b", "c", "d", "e", "f", "g"] ## 测试列表 >>> test1 ['a', 'b', 'c', 'd', 'e', 'f', 'g'] >>> test1[2:-2] ## 同时删除首尾的两个字符 ['c&#
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摘要：001、 >>> str1 = "xabdxyabxykk" ## 测试字符串 >>> str1 'xabdxyabxykk' >>> str1.find("ab") ## 返回测试字符串中首次匹配ab的首字符的索引 1 >>> str1.find("ab", 3) ## 指定在字符串中匹配的起始位
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摘要：文章来源：https://www.jianshu.com/p/2475c3240a67 简化的短序列匹配程序 (map.py) 把short.fa中的序列比对到ref.fa, 输出短序列匹配到ref.fa文件中哪些序列的哪些位置。 f1 = r'E:\Bioinformatics\Python\pr
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摘要：001、 >>> test1 = "100 200" ## test1为字符串 >>> test1 '100 200' >>> a,b = test1.split() ## 拆分字符串，直接赋值给变量名 >>> a '100' >>> b '200' >>> test2 = [500, 1000]
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摘要：001、 方法1 root@PC1:/home/test3# ls a.txt test.py root@PC1:/home/test3# cat a.txt ## 测试文件 ACTGCCCTAAGTGCTCCTTCTGGC 2 ATAAGGTGCATCTAGTGCAGATA 25 TGAGGTAG
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摘要：001、方法1 root@PC1:/home/test3# ls test.py root@PC1:/home/test3# cat test.py ## 测试程序 #!/usr/bin/python result = "" str1 = "ACGTACGTACGTCACGTCAGCTAGAC" #
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摘要：001、 root@PC1:/home/test3# ls a.txt test.py root@PC1:/home/test3# cat test.py ## 测试程序 #!/usr/bin/python in_file = open("a.txt", "r") lines = in_file.r
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摘要：001、 >>> "{0}".format("xxx") ## 位置参数 'xxx' >>> "{0}.{1}.{2}".format("xxx", "yyy", "zzz") 'xxx.yyy.zzz' >>> "\t{0}.{1}.{2}".format("xxx", "yyy", "zzz")
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摘要：001、 root@PC1:/home/test3# ls a.map test.py root@PC1:/home/test3# cat a.map ## 测试数据 1 snp1 1 1 snp2 2 1 snp3 3 1 snp4 4 1 snp5 5 1 snp6 6 2 snp7 1 2 s
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摘要：001、 root@PC1:/home/test2# ls a.fasta scaffold.txt test.py root@PC1:/home/test2# cat a.fasta ## 测试fasta文件 >gene2 myc AGCTGCCTAAGC GGCATAGCTAATCG >gene
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