用R的igraph包来画蛋白质互作网络图 | PPI | protein protein interaction network | Cytoscape

 

2026年03月16日

老板做了个RIME，用Nature Method的GeNets画了个不错的PPI图，现在要发文章了，觉得清晰度不够，字体太小，非要逼我重新画一遍。

但确实不要复现，哪个是浏览器插件画出来的，确实漂亮，但不可微调字体等细节。

于是我不得不重新分析，用Cytoscape画图，微调。

步骤如下：

1. 找到147个RIME的hits；

2. 回到原版的GeNets构建PPI edge，发现连接太少，于是去STRING里继续提取，又发现太多了，于是仅保留了部分，具体参考：http://localhost:17449/lab/tree/projects/BAF_SOX9/diffbind/4.RNA.ipynb#Cytoscape

3. 去Cytoscape微调，没有几个小时搞不定，我当时调了一晚上，但是只要保存了模版，画第二个图就几分钟的事，具体参考：'Projects/SOX9-BAF project/Fig.1 Interaction/GeNets-quack-master/SOX9_RIME.cys'

出图：

 

 

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igraph语法简单，画图快速。

Cytoscape专业，个性定制。

 

最终效果图：

 当然也可以用Cytoscape来画。

 

 

 

参考：Network visualization with R

Cytoscape

http://www.360doc.com/content/17/0305/22/19913717_634279918.shtml