摘要：library(ggplot2) library(ggbreak) set.seed(2019-01-19) rnorm(5) rnorm(5)+4 d<-data.frame(x=1:20,y=c(rnorm(5)+4,rnorm(5)+20,rnorm(5)+5,rnorm(5)+22)) p1 阅读全文

摘要：ggplot(data=data1,mapping = aes(x=VARIANT_TYPE,y=NON_REF_GENOTYPE_CONCORDANCE))+geom_boxplot()+scale_y_continuous(expand=c(0,0),breaks = c(0,75,0.80,0 阅读全文

摘要：testvcfdir="/jdfssz1/ST_HEALTH/P18Z10200N0124/qdNB/" testvcfList <- list.files(testvcfdir, pattern = "*.genotype.vcf.gz$", include.dirs = FALSE, full. 阅读全文

摘要：myfunction<-function(arg1,arg2,...){ statements return (object) } 例1 function1<-function(x,y){plot(x,y) + return(x+y)}x<-rnorm(10)xy<-rnorm(10,2,3) fu 阅读全文

摘要：1. GATK GenotypeConcordance p<-ggplot(data=data1,mapping=aes(x = TRUTH_SAMPLE,y=NON_REF_GENOTYPE_CONCORDANCE,colour=VARIANT_TYPE,shape=VARIANT_TYPE )) 阅读全文

摘要：list.files("./",pattern = "*.R$",include.dirs = TRUE,full.names = TRUE,recursive = TRUE) pattern 正则表达式，仅list匹配上的 recursive=TRUE 遍历子目录 full.names=TRUE 阅读全文

摘要：Rstudio script 运行单行/多行代码 选择多行代码，按下 Ctrl/command + Enter 键（或使用 Source 窗口标题栏上的 Run 按钮）。 在运行完某一段代码后，按下 Ctrl + Shift + P 键（或对应的标题栏按钮），即可重新运行上一次运行的代码段（单行或多 阅读全文

摘要：ggplot2 特点 1. 采用图层的设计，利于结构化思维实现数据可视化。明确的起始 ggplot() ， 图层之间叠加通过+实现 。通常geom_xx()或stat_xx()绘制一个图层 2. 把表征数据与图形细节分开，便于创造性的绘图。通过stat_xx()实现将常见的统计变换融入绘图中 3. 阅读全文

摘要：想取出两列数据对应不同的那行观测 ，一步实现不来如bamsex_proportion[bamsex_proportion$sex1male_2female !=bamsex_new$sex1male_2female] 只能先把比较结果赋值给新列，再取出来对应的观测， bamsex_proportio 阅读全文

摘要：subset(数据框，条件) 按条件选择子集 Datafra<-data.frame(name=c(1,2,4,NA,4,5,7),family=c("xiao","ming",NA,NA,"zhou","zheng","li")) Datafra subset(Datafra,name>=1) s 阅读全文

摘要：factoextra 包 1 PCA Principal Component Analysis 2 CA Correspondence Analysis 3 MCA Multiple corespondence Analysis 4 MFA Multiple Factor Analysis 5 HM 阅读全文

摘要：library(ggpubr) # ggpubr 是基于ggplot2开发，更便捷，使图满足论文出版的需要。 df<-iris colnames(df)<-paste0("V",1:5) # paste0 连接符是空字符串，相比paste不能设置sep df p1<-ggplot(df,aes(x= 阅读全文

摘要：A<-matrix(11:16,nrow=3,ncol=2) # 实际按向量存储，根据保存的行数，列数对应到矩阵的元素，存储次序默认是按列存储。 B<-matrix(c(1,-1,1,1),nrow=2,ncol=2,byrow=TRUE) #设置byrow=TRUE，则按行存储 取矩阵的行数 nr 阅读全文

摘要：R 列表list 保存不同类型的数据，可提供R分析结果的包装，如输出一个包含回归系数、预测值、残差、检测结果等不规则数据结构的变量。 相比数据框，列表不要求各列等长 相比向量，列表不要求所有元素类型相同 赋值 如rec<-list(name="liming",age=30,scores=c(85,7 阅读全文

摘要：去除重复行 sort $file |uniq 查看重复行 sort $file|uniq -d 统计重复情况 sort $file|uniq -c 查看非重复行 sort $file|uniq -u 阅读全文

摘要：作图与修图是个手艺，需要磨 1天不行，就两天，做个好图，花费很多时间很正常 作新图 数据梳理 核心画图函数掌握 修理 在现有脚本基础上做图 拷贝到Rstudio,逐个代码块运行，调试 需要参考时可以google,键入关键词 如roc ggplot2 阅读全文

摘要：paste("D","CMDCB0000013","-1",sep = "") 拼接字符串，可以用于新增列non_json$DNAcode<-paste("D",non_json$Sample,"-1",sep="") ，当然搭配mutate用也一样 stringR 包对字符串切分 替换 匹配提取 阅读全文

摘要：save.image("hello.RData") 保存整个工作空间到文件，加载方式： 下次打开默认工作目录时如果有.RData文件时会自动加载 通过load() 读取工作空间 #save 是可以选择些变量保存到文件,如save(numbers_1, file = "hello1.RData") 保 阅读全文

摘要：> sample(c(1:10),8) # 对向量取样，默认是不放回抽样，replace=FALSE > sample(c(1:10),8,replace=TRUE) # 放回抽样 对数据框不放回抽行 dataframe[sample(nrow(dataframe), 10), ] #datafra 阅读全文

摘要：n()外的计数函数还包括 n_distinct(x)取x向量中unique值的个数,等同 length(unique(x))。如： tally(x, wt = NULL, sort = FALSE, name = "n") count(x, ..., wt = NULL, sort = FALSE, 阅读全文