摘要：Z-score 表示一个值是高于或低于平均值多少个标准差（ a score that indicates how many standard deviations a value is above or below the mean). 比如用于RNA-seq 的normalisation. 对每个 阅读全文

摘要：You have conducted your genome-wide association study (GWAS) and have tested each genetic variant for an association with your trait of interest. Now 阅读全文

摘要：KING 根据个体的基因组数据，判断亲子关系，推断个体间的亲缘关系 family relationship and flag pedigree errors。 PI作者是个华人 https://www.kingrelatedness.com/ 不同亲缘关系推断一句 依次解释如下： MT 同卵双胞胎 阅读全文

摘要：scale_colour_manual(...,values) scale_fill_manual(...,values) scale_size_manual(...,values) scale_shape_manual(...,values) scale_linetype_manual(...,v 阅读全文

摘要：> x<-1:10 > y<-x^2 > plot(x,y) > plot(x,y,ylab=expression(x^y)) > plot(1:10,ylab=expression(a[b])) x<-1:10 > y<-sqrt(x) > plot(x,y,ylab=expression(y== 阅读全文

摘要：is.na 检测缺失值，返回结果为true,false na.rm=TRUE 很多函数有这个参数，即在计算之前移除缺失值，并使用剩余值计算。 https://www.cnblogs.com/GhostBear/p/8416897.html 阅读全文

摘要：huron<-data.frame(year=1875:1972,level=as.vector(LakeHuron),level2=as.vector(LakeHuron)) huron[1:50,2]<-huron[1:50,2]+100 #给第二列，1:50行每个值加100 huron[50: 阅读全文

摘要：order_by(order_by,call) 函数 更灵活的排序 This function makes it possible to control the ordering of window functions in R that don't have a specific ordering 阅读全文

摘要：基本语句 判断： if(Condition1){ State1 }else if(Condition2){ State2} else { State_last } 循环 for ( i in xx){ yy} while (xx){yy} 嵌套 for ( i in xx) { if (i yy){ 阅读全文

摘要：最直接的方式是args<-commandArgs(trailingOnly = TRUE) ,对应args[1],args[2] 如：cat test.R #脚本内容如下 args<-commandArgs(trailingOnly = TRUE)print(args)print (args[1]) 阅读全文

摘要：函数调用 R 所有函数的调用格式为 function(argument1=value1, argument2=value2,...) 如t.test(x=sample,mu=4.5) 对于二元计算 a %x% b 等价于 "x"(a,b) 如 > "+"(2,3) [1] 5 从function( 阅读全文

摘要：library("tidyverse") library(ggplot2) library(ggpubr) data <- read_tsv("./rawDataStat20220215141517.txt") #fq qc dataPlot<-data %>% select("TotalBases 阅读全文

摘要：文件内有%，rawdata0413<-read.csv("./rawDataStat20220413151324.txt",sep = "\t")识别错误 rawdata0413<-read.csv("./rawDataStat20220413151324.txt",sep = "\t") 里边的% 阅读全文

摘要：Standard Deviation(SD) 标准（偏）差，代表变量的分散程度，离散量。统计为方差的平方根（Calculated as the root square of the variance） sd<-sd(vec) 等同于 sd<-sqrt(var(vec)) Standard Error 阅读全文

摘要：AUC ROC ROC: receivers operating characteristic curve,是一种坐标图式的分析工具，是一个二元分类模型(0/1)，输出结果只有两种类别的模型。如阳性/阴性，有病/没病，垃圾邮件/非垃圾邮件。 预测错误：针对正样本而言，即预测是正样本，但预测错了FP 阅读全文

摘要：qplot( x, y, ..., data, facets = NULL, margins = FALSE, geom = "auto", xlim = c(NA, NA), ylim = c(NA, NA), log = "", main = NULL, xlab = NULL, ylab = 阅读全文

摘要：> facet_grid() 可以应用多个标准对数据分组。 如qplot(carat,price,data=diamonds,alpha=I(0.2))+facet_grid(color~cut) 这里 color~cut 波浪号～ 前是分行依据 波浪号～ 后是分列依据 相比facet_wrap，f 阅读全文

摘要：best_in_class <-mpg %>% group_by(class) %>%filter(row_number(desc(hwy))==1) #取每组hwy 最大的那行观测赋值给best_in_class ggplot(mpg,aes(displ,hwy))+geom_point(aes( 阅读全文

摘要：R glimpse比较全的查看列，但看不到rownames。 rownames 可以通过View() 或head() 如glimpse(mtcars) View(mtcars) rownames(mtcars) head(mtcars) 阅读全文

摘要：lm() 拟合线性模型linear module ，用来进行回归、single stratum方差分析，协方差分析 lm(formula,data,subset,weights,na.action,【other args】) lm(y ~ x,data) 这样是最常见设置的参数 如lm(formul 阅读全文