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摘要: 1. "动物基因组大小" (需FQ) 2. "植物已测序的基因组大小" 3. "真菌基因组大小" 4. "原核生物基因组大小" 5. "NCBI怎么缺呢" 注:若如,可要查近源种 阅读全文
posted @ 2019-06-11 17:00 记号晴 阅读(1399) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 先用conda安装 很顺利 输入 结果 可是输入 这个网上说没有图形界面 可以这样 或者 都可以 阅读全文
posted @ 2019-02-25 11:17 记号晴 阅读(2265) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 一、环境描述 1、系统:CentOS 6.4 i386 (min) 2、登录用户:root 3、版本:CMake 3.14 二、安装步骤 步骤一、安装gcc等必备程序包(已安装则略过此步) 步骤二、安装wget (已安装则略过此步) 步骤三、获取CMake源码包 步骤四、解压CMake源码包 步骤五 阅读全文
posted @ 2019-02-24 16:12 记号晴 阅读(8828) 评论(1) 推荐(0) 编辑
摘要: 一、序列操作: 1.取反向序列 seqkit seq test.fa r test_re.fa 2.取互补序列 seq test.fa p test_com.fa 3.取反向互补序列 seqkit seq test.fa r p test_re_com.fa 4.DNA序列转换为RNA序列 seqk 阅读全文
posted @ 2019-02-23 10:25 记号晴 阅读(26536) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 1.统计大于号开始的行数或seqkit 工具 Total sequence length 5,759,798,599 Total ungapped length 5,759,798,599 Number of contigs 1,397,492 Contig N50 9,587 Contig L50 阅读全文
posted @ 2019-02-22 21:30 记号晴 阅读(2876) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: FASTA格式是一种用于记录序列的文本格式,在生信分析中经常会用到.fasta文件中往往储存成千上万条序列,而在某些时候,需要对文件进行分割,如分割成每个序列一个文件,或分割成较小的fasta文件 假如有如下数据: Tricas1.fasta $ head Tricas1.fasta CM00027 阅读全文
posted @ 2019-02-22 15:29 记号晴 阅读(4676) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 用conda安装时它并没有注明是依赖于python3.6 但它会把anaconda默认python版本为3.6,无论是3.7还是2.7 且它不管以你是自己的环境还是公共的环境,都会升级 你不得不重装anaconda 阅读全文
posted @ 2019-02-22 12:30 记号晴 阅读(893) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 1 minimap2 的安装 2 Lighter 的安装 3 BESST 的安装 or 阅读全文
posted @ 2019-01-23 13:09 记号晴 阅读(359) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 1.尽量少赖床,5:30起来。这样不耽误打电话,六点叫起床,不然室友会吵到啊 2.英语要好好练,不能三天打鱼两天晒网的。要有规划 3.要静下心,不要焦躁。才研一,技术学好后才有机会找工作 4.按照目标职位来要求自己。 5.网上一半的信息是无效的,另25%是需要提炼的 6.要多沟通 阅读全文
posted @ 2019-01-20 12:35 记号晴 阅读(211) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 测序数据拿回来之后,会给一些数据。那么这些数据代表什么呢? 1. 原始数据(Raw data):一次测序产生的全部原始数据。理论上,它们应该是没有经过任何过滤的,无论好坏。 2. PF数据(PF data):在测序过程中,Illumina内置软件根据每个测序片段(read,通常每个片段长100个碱基 阅读全文
posted @ 2019-01-07 14:16 记号晴 阅读(4429) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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