一个收录超过200种蛋白AI工具的平台：Tamarind Bio

Tamarind Bio是一个专为生命科学家设计的无代码计算生物学平台。通过简单的网页界面和API即可使用前沿的AI工具进行蛋白质设计、结构预测以及药物研发任务。平台专注简化复杂的工作流程，目前已成为生物制药领域的重要创新平台。

 

Tamarind Bio整合了超过200种领先的计算模型，涵盖以下功能：

蛋白质结构预测：支持AlphaFold、Boltz-2、ESMFold等工具，精准预测蛋白质、核酸及小分子的三维结构。

蛋白质设计：使用RFdiffusion和ProteinMPNN实现全新的蛋白质设计和优化。

分子动态模拟与对接：利用DiffDock和GROMACS对蛋白-配体相互作用进行预测和模拟。

抗体设计与优选：专注从头设计高亲和力抗体，并进行人源化和稳定性优化。

小分子生成：BoltzGen工具在设计药物结合物领域表现出色。

 

Tamarind Bio致力于消除使用高端计算工具的技术壁垒，提供以下高效使用方式：

网页界面：通过直观的操作界面快速运行任务。

API集成：为团队创建专属的模块化计算流程。

命令行工具：满足科研团队开发自动化处理流程的需求。

高吞吐量运行：支持批量处理数十万条输入，运行GPU资源分配。

 

应用案例

抗体研发：使用BoltzGen工具对靶标设计纳米抗体，测试成功率达到60%-70%。RFantibody和Germinal框架专注生成治疗级抗体结合域，广泛应用于药物研发尤其是临床抗体优化领域。

酶工程：利用RFdiffusion结合LigandMPNN设计酶，确保多步反应的效率和稳定性，新型活性酶模块已达晶体验证级别。

药物小分子分析：Boltz ADME和DiffDock工具实现药物结合分析，优化候选药物分子的ADMET属性。

 

AI工具列表

1.结构预测

AlphaFold2	经典蛋白质结构预测，行业标杆
AlphaFold3	扩散架构，预测蛋白质/核酸/小分子复合物
AlphaFold-Multimer	多聚体复合物结构预测
Boltz-1/Boltz-2	MIT/Recursion开发，AF3级预测+亲和力预测
Chai-1	AF3开源复现，多分子类型支持
Protenixv2	超越AF3的抗体-抗原界面预测
ESMFold/ESMFold2	Meta出品，快速结构预测
IntFold/IntelliFold2	FoldBench基准SOTA成绩
OpenFold/OpenFold3	完全开源AF3复现
RF3	RoseTTAFold第三代
OpenDDE	开放蛋白结构预测
AlphaFlow	AlphaFold+flowmatching精炼
AF-Unmasked	无需MSA的结构预测
AF-Traj	构象轨迹分析预测
AF2Rave	AlphaFold2结构精炼
AF2Bind	结合位点预测
AFCluster	AF结构聚类分析
AFSample	AF构象采样
AFCycDesign	环状蛋白设计
AlphaLink2	交联质谱约束结构预测
CombFold	大型复合物组装预测
HighFold	超大复合物预测
CryoBoltz	冷冻电镜结构预测
SF-Cluster	结构聚类工具
HelixFold3	百度AF3复现方案
Promera	生物分子共折叠+binder设计
TCRModel2	T细胞受体结构预测
OpenConf	构象探索工具

 

2.蛋白质设计

ProteinMPNN	基于蛋白骨架的序列设计（反向折叠）
RFdiffusion	去噪扩散生成新蛋白结构
RFdiffusionAll-Atom	原子级denovo蛋白设计
RFdiffusion2/RFdiffusion3	RF扩散模型迭代版本
RoseTTAFoldAll-Atom(RFAA)	flowmatching原子级设计
BoltzGen	全原子生成式binder设计
BoltzDesign	反转Boltz模型设计binder
BoltzProt-1	Boltz蛋白质binder设计
BoltzMol-1	Boltz小分子相关设计
Boltz-Protein-Screen	Boltz蛋白筛选
BindCraft	denovo肽/蛋白binder设计
ESMFold2BinderDesign	基于ESMFold2的binder设计
Genie3	扩散模型denovobinder设计
Proteina-Complexa	全原子蛋白binder设计
PepMimic	肽模拟物设计
PXDesign	SOTA迷你蛋白denovo设计
RSO	蛋白binder设计工具
ProteinHunter	蛋白binder发现工具
MosaicHallucination	多肽幻觉设计
EvoPro	进化驱动蛋白设计
Multi-Evolve	多序列进化设计
EvoProtGrad	梯度引导蛋白进化
EvoNB	纳米抗体进化
ScaffoldHallucination(RFdiff)	RFdiffusion支架设计
IDRBinderDesign	无序蛋白区域binder设计
FixBB	固定骨架序列设计
LigandMPNN	配体感知MPNN设计
DynamicMPNN	动态构象MPNN设计
CyclicMPNN	环肽MPNN设计
HyperMPNN	超网络MPNN
NA-MPNN	蛋白质/RNA/DNA序列设计
StructuralEvolution	结构引导突变推荐
FAMPNN	骨架条件序列设计
ProteinSolubilization	蛋白可溶性优化设计
Proto	约束型多目标序列优化
FLOWR	蛋白设计工具
RFpeptides	肽段RFdiffusion设计
P2PXML	蛋白设计工具

 

3.抗体工程

RFantibody	RFdiffusiondenovo抗体设计
Germinal	高亲和力抗体生成框架
OpenGerminal	Germinal开源版本
mBER	SOTAdenovoVHH纳米抗体设计
IgDesign	CDR亲和力优化（Absci验证）
AntiFold	抗体反向折叠
IgGM	抗体生成式基础模型
AbBodyBuilder/ABodyBuilder3	抗体结构建模
AbLang	抗体语言模型
AbGPT	抗体GPT生成
ABB4/ABB4-STEROIDS	抗体工具套件
AbLang-MPNN	AbLang+MPNN混合设计
AbMPNN	抗体专用MPNN
AbMap	抗体图谱分析
ABFE	抗体结合自由能计算
AntiDIF	抗体反向折叠
AntibodyEvolution	抗体亲和力成熟（pLM驱动）
AntibodyAnnotation	抗体序列注释
AntibodyDiffusionProperties	抗体可开发性属性预测
FlashABB	快速抗体结构建模
ODesignAntibody	全原子CDR设计
DiffAb	扩散抗体设计
ITsFlexible	抗体CDR3柔性分类
TAP/TAP2	治疗性抗体分析
AntiBERTy	抗体BERT模型
dyMEAN	抗体设计工具
NanobodyPolyreactivity	纳米抗体多反应性预测
TNP	治疗性纳米抗体分析
Humatch	抗体人源化匹配
PepMLM	线性肽binder设计

 

4.属性预测与打分

ThermoMPNN	单点突变热稳定性预测
ThermoMPNN-D/TemStaPro	双点突变/热稳定性预测
ProteinMPNN-ddG	结构稳定性(ΔΔG)预测
ProteinMPNN-ddGBinder	binder稳定性预测
ProteinMPNNScore	序列-结构匹配打分
BindingddG	结合自由能变化预测
StaB-ddG	稳定性ddG预测
SPURS	稳定性(ddG)预测
Aggrescan3D	聚集热点（结构感知）预测
CatPred	酶催化动力学(kM)预测
DeepSP	序列属性预测
DeepStabP	稳定性预测
DeepImmuno	免疫原性预测
Deep-Viscosity	抗体粘度预测
NetSolP	溶解度预测
TLimmuno2	T细胞免疫原性
COMPSSProteinMetrics	酶活性序列筛选框架
TemPro	热稳定性蛋白设计
ESM-Scan	突变扫描分析
ADMET	小分子ADMET性质预测
ProteinProperties	综合蛋白属性计算
BioPhi	抗体人源化/可开发性
PLMCrystallizationPrediction	结晶倾向预测
ProFam	蛋白家族分析
ProfluentE1	蛋白属性工具
INTERCAAT	抗体可开发性评估
ESPsim	静电相似性计算
PRODIGY	蛋白结合能量预测
SaProt	结构感知蛋白语言模型
SURFMAP	蛋白表面分析
ImmunoSeq	免疫序列分析

 

5.分子对接

AutoDockVina	经典分子对接工具
GNINA	CNN增强分子对接
DiffDock	扩散模型分子对接
FlowDock	flowmatching对接
HemeDocking	血红素-蛋白对接
GBSAMM/GBSA	结合自由能计算
DockQ	对接质量评估
LiGen/Lichen	配体对接工具
Smina	AutoDockVina优化版
AF2Dock	AF2引导对接
ColabDock	Colab分子对接
EquiDock	等变扩散对接
GeoDock	几何深度学习对接
PRODIGY	结合能量预测

 

6.蛋白质语言模型

ESM-2	Meta蛋白语言模型
ESM-C(ESMC-6B)	进化尺度模型（3B/6B/15B）
ESM-IF1	ESM反向折叠
ESMEmbeddings	蛋白嵌入特征提取
DayhoffAtlas	序列条件蛋白生成
Amplify	蛋白语言模型
Caliby	Potts模型序列设计
Cosine	蛋白语言模型
Canya	蛋白语言模型
MAGE	蛋白语言模型
Disco	蛋白语言模型
GRaSP	蛋白语言模型
SaProt	结构感知蛋白LM

 

7.酶工程

DLKcat	酶动力学参数(kcat)预测
DeepFRI	酶功能注释预测
ZymCTRL	条件酶序列生成
EnzyGen2	酶序列生成
CatPred	酶催化属性预测
LibInvent	酶库设计

 

8.RNA

ViennaRNA	RNA二级结构分析
RNA-FM	RNA基础模型
RhoDesign	RNA反向折叠
OligoWalksi	RNA候选设计
OligoAI	RNA寡核苷酸AI设计
DERNA	RNA设计工具
mRNABERT	mRNABERT模型

9.分子动力学与模拟

MembraneRBFE	膜蛋白相对结合自由能
GROMACS	经典分子动力学模拟
FrameFlow	MD框架分析
DynamicsPLMFinetuning	动态PLM微调
AlphaCutter	蛋白截断分析

 

10实用工具与基础工具

MSA	多序列比对生成
PSI-BLAST	蛋白序列数据库搜索
USalign/OpenConf	结构比对对齐
AllMetal3D	金属离子结合位点预测
MoFlow	小分子flow生成模型
Waypoint	微生物组基础模型
PEP-Patch	蛋白表面静电势分析
SPACE2	抗体表位分群
PDBsum1	结构分析网页工具本地版
PDBfixer	PDB文件修复
LEGOLAS	NMR化学位移预测
ImmuneBuilder	免疫系统结构建模
MHC-Fine	肽-MHC精细预测
Placer	蛋白结构放置
pyRMSD	RMSD计算
LocScale	冷冻电镜局部锐化
VaxPress	疫苗设计工具
NOS	工具
PALM	工具

 

11.模型微调

Boltz-Affinity-Finetune	Boltz亲和力预测微调
BaLM-Finetune	BaLM模型微调
BaLM-Paired	BaLM配对微调
EnzyGen2Finetuning	酶生成模型微调
Mavenets-Finetune	Mavenets微调
DynamicsPLMFinetuning	动态PLM微调
AlphaBindModelFinetuning	AlphaBind模型微调
PLMFinetuning	通用蛋白语言模型微调
Fine-TuneProteinLanguageModel	蛋白LM定制微调

 

12.平台功能与基础设施

Pipelines	多阶段分子设计工作流
ProteinDesignAgent	AI驱动的蛋白设计助手
CustomTools	自定义模型部署
BatchWorkflows	超高通量批量处理
Database	内置数据库
Finetuning	模型定制微调
MCPServer	21个程序化API工具
RESTAPI	完整RESTfulAPI访问