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摘要：https://www.jianshu.com/p/51400369594c 阅读全文
posted @ 2020-11-11 10:07 fhn 阅读(45) 评论(0) 推荐(0)
转录组（八）：差异基因注释
摘要：##引入clusterProfiler与注释数据 library(clusterProfiler) library(DOSE) library(DO.db) library(org.Mm.eg.db) ##GO(gene ontology)分析 GO，Gene Ontology，是基因功能国际标准分 阅读全文
posted @ 2020-08-10 12:28 fhn 阅读(2912) 评论(0) 推荐(0)
转录组（七）：提取差异基因
摘要：##合并reads矩阵 #字符串不会转换成factor options(stringsAsFactors = FALSE) #读入四个文件 control1 <- read.table("~/rna_seq_AKAP95/data/rna_seq_test/matrix/SRR3589959.mat 阅读全文
posted @ 2020-08-10 11:55 fhn 阅读(1239) 评论(0) 推荐(0)
转录组（六）：reads计数
摘要：##排序&转换 #按name排序 #for i in `seq 56 62`;do samtools sort -n ../SRR35899${i}.bam -o SRR35899${i}_nsort.bam;done #转换为sam文件 for i in `seq 56 62`;do samtoo 阅读全文
posted @ 2020-08-09 20:17 fhn 阅读(353) 评论(0) 推荐(0)
转录组（五）：进行序列比对
摘要：##比对软件 HISAT2：http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml 参考资料：http://blog.biochen.com/archives/337* STAR：https://codeload.github.com/alexdobin/STA 阅读全文
posted @ 2020-08-09 18:33 fhn 阅读(595) 评论(0) 推荐(0)
转录组（四）：了解参考基因组及基因注释
摘要：##参考基因组下载 基因组各版本的对应关系http://www.bio-info-trainee.com/1469.html GRCh36 (hg18): ENSEMBL release_52. GRCh37 (hg19): ENSEMBL release_59/61/64/68/69/75. GR 阅读全文
posted @ 2020-08-09 18:28 fhn 阅读(2006) 评论(0) 推荐(0)
转录组（三）：了解fastq测序数据
摘要：##通过fastq-dump将sra文件转换为fastq格式 #将之前的SRR3589956~SRR3589962转换为fastq格式 #批量生成脚本，并让每条命令后台执行，速度更快 for i in `seq 56 62`;do echo fastq-dump --gzip --split-3 / 阅读全文
posted @ 2020-08-09 13:00 fhn 阅读(2987) 评论(0) 推荐(0)
转录组（二）：获取数据
摘要：##文章下载 ##数据下载 我选择从EBI下载数据，个人认为从EBI下载数据比NCBI下载更方便。 可以下载SRA文件，也可以直接下载fastq文件。 #使用aspera快速下载SRR3589956~SRR3589962 #注意ftp格式era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vo 阅读全文
posted @ 2020-08-09 12:41 fhn 阅读(530) 评论(0) 推荐(0)
转录组（一）：软件安装
摘要：##软件安装 软件之前已安装过，此处为一些摘要 需要安装的软件 sratoolkit,fastqc,hisats,samtools,htseq-count,R,Rstudio R:https://www.r-project.org/ # 添加README文档说的镜像源到source.list，这里我 阅读全文
posted @ 2020-08-09 12:38 fhn 阅读(162) 评论(0) 推荐(0)