转录组（二）：获取数据

文章下载

数据下载

我选择从EBI下载数据，个人认为从EBI下载数据比NCBI下载更方便。
可以下载SRA文件，也可以直接下载fastq文件。

#使用aspera快速下载SRR3589956~SRR3589962
#注意ftp格式era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/srr/SRR358/006/SRR3589956

for i in `seq 56 62`
do
        a=`expr $i % 10`
        ascp -I 300m -QT -P33001 --ignore-host-key -k 1 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/srr/SRR358/00$a/SRR35899$i .
done

文章中使用的工具

reads count: HTSeq(v0.6.0)
DE analysis: DESeq(v3.0)
Deferential exon: DEXSeq(v3.1)
Statistical analysis: R(v3.1.1)
GO analysis: DAVID

bash脚本——循环

seq使用

作用

seq - print a sequence of numbers

代码

for i in `seq 1 100`
do
       echo $i
done

in使用(报错)

for i in {1..100}
do
	echo $i
done

类c语言(报错)

for ((i=1; i<=100; i ++))
do
	echo $i
done

来自https://blog.csdn.net/wzy_1988/article/details/8674535

expr执行后面的表达式

 expr 11 % 10

a=`expr 12 % 10`

参考
http://www.biotrainee.com/thread-1743-1-1.html

https://www.jianshu.com/p/da377252ee96