转录组（一）：软件安装

软件安装

软件之前已安装过，此处为一些摘要
需要安装的软件
sratoolkit,fastqc,hisats,samtools,htseq-count,R,Rstudio
R:https://www.r-project.org/

# 添加README文档说的镜像源到source.list，这里我选择中国科技大学的。
$ vim /etc/apt/source.list
deb https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu xenial/
deb https://mirrors.ustc.edu.cn/ubuntu/ xenial-backports main restricted universe
# 还有需要添加密钥到电脑，secure APT
$ sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install r-base
$ sudo apt-get install r-base-dev
# 测试
$ R
# 会出现r的开启提示语
## 这里还有个额外的工作，提高安装R包速度，要在家目录下新建.Rprofile，添加如下内容
$ vim ~/.Rprofile
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

参考
http://www.biotrainee.com/thread-1742-1-1.html

https://www.jianshu.com/p/6a4855023330