摘要：
现象： Eclipse IDE for Java Developers Version: Helios Service Release 1，已经安装了epic和padwalker。perl环境装的是activePerl。没有手动设置过系统的参数和Eclipse的参数。 可以正常Run，但是不能Deb 阅读全文
posted @ 2011-11-13 23:12
emanlee
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摘要：
The Burrows–Wheeler transform (BWT, also called block-sorting compression), is an algorithm used in data compression techniques such as bzip2. It was invented by Michael Burrows and David Wheeler in 1... 阅读全文
posted @ 2011-11-12 16:21
emanlee
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摘要：
What is Bowtie 2? Bowtie 2 is an ultrafast and memory-efficient tool for aligning sequencing reads to long reference sequences. It is particularly good at aligning reads of about 50 up to 100s or 1,0... 阅读全文
posted @ 2011-11-12 12:24
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摘要：
解读报告前需要掌握的概念 alignments 代表比对上的两个序列 hits 表示两个序列比对上的片段 Score 比对得分，如果序列匹配上得分，不一样，减分，分值越高，两个序列相似性越高 E Value 值越小，越可信，相对的一个统计值。 Length 输入序列的长度 Identities 一致性，就是两个序列有多少是一样的 Query 代表输入序列... 阅读全文
posted @ 2011-11-11 10:48
emanlee
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摘要：
安装Randfold 软件下载：http://bioinformatics.psb.ugent.be/supplementary_data/erbon/nov2003/ 安装：tar zxvf randfold.tar.gz cd randfold-2.0 make cp randfold /usr/local/bin ... 阅读全文
posted @ 2011-11-11 10:39
emanlee
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摘要：
问题： ubuntu没有权限（不能）创建文件夹（目录），怎么没权限呢？我可是administrator？！ 方法： 可以在终端直接运行 sudo nautilus ，弹出来的nautilus可以直接GUI操作，中途别关终端。 阅读全文
posted @ 2011-11-10 22:38
emanlee
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摘要：
查看软件xxx安装内容 dpkg -L xxx 查找软件库中的软件 apt-cache search 正则表达式 查找软件库中的软件 aptitude search 软件包 查找文件属于哪个包 dpkg -S filename 查找文件属于哪个包 apt-file search filename 查询软件xxx依赖哪些包 apt-ca... 阅读全文
posted @ 2011-11-10 22:26
emanlee
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摘要：
I am running ubuntu on Vmware and have a local folder mapped so the virtual machine can access the files. The "real" files are localed under D:/something and appear in Ubuntu uder root/mnt/hgfs/someth... 阅读全文
posted @ 2011-11-10 22:15
emanlee
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摘要：
mkdir 目录名创建一个目录 rmdir 空目录名删除一个空目录 rm 文件名文件名删除一个文件或多个文件 rm –rf 非空目录名删除一个非空目录下的一切 touch 文件名创建一个空文件 重命名文件夹 执行格式： mv source destination Example: mv file1 file2 将文件 file1，更改文件名为 file2。 mv file1 dir1... 阅读全文
posted @ 2011-11-10 12:16
emanlee
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摘要：
ECHO命令是大家都熟悉的DOS批处理命令的一条子命令，但它的一些功能和用法也许你并不是全都知道，不信你瞧： 1． 作为控制批处理命令在执行时是否显示命令行自身的开关 格式：ECHO [ON|OFF] 如果想关闭“ECHO OFF”命令行自身的显示，则需要在该命令行前加上“@”。 2． 显示当前ECHO设置状态 格式：ECHO 3． 输出提示信息 格式：ECHO信息内容 上述是EC... 阅读全文
posted @ 2011-11-10 09:25
emanlee
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