emanlee - 博客园

2011年12月15日

摘要： The term k-mer (or x-mer where x can be virtually any consonant of choice) usually refers to a specific n-tuple or n-gram of nucleic acid or amino acid sequences that can be used to identify certain r... 阅读全文

posted @ 2011-12-15 22:24 emanlee 阅读(826) 评论(0) 推荐(0)

动物所piRNA的高精度预测算法研究获得突破

摘要：动物所piRNA的高精度预测算法研究获得突破第二代测序技术又称作深度测序技术，应用到RNA上统称作RNA-seq或RNA测序，它已成为基因表达和转录组分析的重要手段。第二代转录组测序数据中含有大量不编码蛋白质的ncRNA序列，因为它们像宇宙中的暗物质一样难以识别和有重要功能，也被称为“基因组暗物质”。由于数据量巨大，保守性差，又有噪音干扰，这些“暗物质”的识别成为表观遗传学和调控网络研究的瓶... 阅读全文

posted @ 2011-12-15 22:22 emanlee 阅读(475) 评论(0) 推荐(0)

基因组印记

摘要：基因组印记是指来自父方和母方的等位基因在通过精子和卵子传递给子代时发生了修饰，使带有亲代印记的等位基因具有不同的表达特性，这种修饰常为DNA甲基化修饰，也包括组蛋白乙酰化、甲基化等修饰。在生殖细胞形成早期，来自父方和母方的印记将全部被消除，父方等位基因在精母细胞形成精子时产生新的甲基化模式，但在受精时这种甲基化模式还将发生改变；母方等位基因甲基化模式在卵子发生时形成，因此在受精前来自父方和母方的等... 阅读全文

posted @ 2011-12-15 12:01 emanlee 阅读(3378) 评论(0) 推荐(0)

甲基化

摘要：甲基化是蛋白质和核酸的一种重要的修饰，调节基因的表达和关闭，与癌症、衰老、老年痴呆等许多疾病密切相关，是表观遗传学的重要研究内容之一。最常见的甲基化修饰有DNA甲基化和组蛋白甲基化。 DNA甲基化能关闭某些基因的活性，去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而控制基因表达。研究证实，CpG二核苷酸中胞... 阅读全文

posted @ 2011-12-15 11:47 emanlee 阅读(3526) 评论(0) 推荐(0)

2011年12月14日

研究多个基因间相互作用的频域方法

摘要：课题名称：研究多个基因间相互作用的频域方法 -------------------------------------------------------------------------------- 1. 课题的目的和意义人类为了了解在分子水平上生物组织的功能，迫切地想知道基因表达的具体过程和内在机理。事实上，这是当今生物信息学中一个热门且具有挑战性的研究领域。基因表达... 阅读全文

posted @ 2011-12-14 22:20 emanlee 阅读(1759) 评论(0) 推荐(0)

2011年12月10日

Toward the blood-borne miRNome of human diseases

摘要：德国多个研究机构的研究人员绘制了来自病人血液的miRNA表达谱，其中包括自体免疫疾病、癌症、心血管疾病以及慢性炎症患者。该研究成果发表在9月4日的《自然—方法学》（Nature Methods）在线版上。在一项多中心研究中，研究人员对患病个体的454个血液样本进行芯片分析，确定了863个microRNA的表达谱，并利用实时定量PCR验证了此miRNA组（miRNome）。他们检测了所有疾病的... 阅读全文

posted @ 2011-12-10 20:59 emanlee 阅读(494) 评论(0) 推荐(0)

2011年12月9日

如何在oracle中插入含有半角单引号'的字符串

摘要：例如： insert in tableName(colA,cloB) values(1,'Mike's cat') 这个语句会出误，因为“Mike's”中的半角单引号的原因。 1. 用insert into tableName(colA,cloB) values(1,'Mike'||chr(39)||'s cat') 这要在PL/SQL里才行，不然就把chr(39)换成c... 阅读全文

posted @ 2011-12-09 10:02 emanlee 阅读(3699) 评论(0) 推荐(0)

2011年12月7日

String Kernel SVM

摘要： String Kernel是这样一种Kernel方法，它根据两个字符串的所有公共子串计算它们的相似度，最简单的方法是用Dynamic Programming的办法，但复杂度较高，是N的平方。通过使用Suffix Tree或Suffix Array可以成功地把复杂度降为线性的，参见论文： Abouelhoda, M. I., Kurtz, S., & Ohlebusch, E. (2004).... 阅读全文

posted @ 2011-12-07 10:26 emanlee 阅读(2195) 评论(0) 推荐(0)

创建 PDF 包

摘要：一个 PDF 包包含多个组合到一个集成 PDF 单元的文件。PDF 包中的文件可以具有不同的格式且可以在不同的应用程序中创建。例如，假设在您的项目中包含文本文档、电子邮件、电子表格、CAD 绘图以及 PowerPoint 演示文稿，您可以将所有这些文档合并到一个 PDF 包中。原始文件保留各自的身份，但会组合到一个 PDF 包文件中。用户可以打开、阅读、编辑每个组件文件并设置其格式，而不受 PDF... 阅读全文

posted @ 2011-12-07 09:23 emanlee 阅读(1557) 评论(0) 推荐(0)

2011年12月3日

libsvm 在MATLAB平台下的安装

摘要： libsvm-mat在MATLAB平台下的安装 1. 将libsvm-matlab所在工具箱添加到matlab工作搜索目录 (File ——> Set Path… ——> Add with Subfolders...)； 2. 选择编译器(mex -setup)； 3. 编译文件(make)。 >> mex -setup Please choose yo... 阅读全文

posted @ 2011-12-03 20:26 emanlee 阅读(4999) 评论(0) 推荐(0)