[25] 生物信息学 - 随笔分类(第7页) - emanlee

如何在网上查某个基因的转录因子及启动子

摘要：ABS:Annotated regulatory binding sites from orthologous promoters:http://genome.imim.es/datasets/abs2005/abs.html ACTIVITY:Functional DNA/RNA site activity:http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/systems/a... 阅读全文

posted @ 2012-04-01 21:53 emanlee 阅读(8779) 评论(0) 推荐(0)

k-means k均值聚类的弱点/缺点

摘要：Similar to other algorithm, K-mean clustering has many weaknesses: 1 When the numbers of data are not so many, initial grouping will determine the cluster significantly. 当数据数量不是足够大时，初始化分组很大程度上决定... 阅读全文

posted @ 2012-03-06 11:52 emanlee 阅读(6068) 评论(0) 推荐(0)

基于共调控功能模块的方法来识别miRNA-miRNA协同调控网络

摘要：来自哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院李霞教授课题组在《Nucleic Acids Research》杂志在线发表题为“MiRNA–miRNA synergistic network: construction via co-regulating functional modules and disease miRNA topological features”的文章，该文章提出了基于共调... 阅读全文

posted @ 2011-12-24 20:18 emanlee 阅读(1505) 评论(0) 推荐(0)

动物所piRNA的高精度预测算法研究获得突破

摘要：动物所piRNA的高精度预测算法研究获得突破第二代测序技术又称作深度测序技术，应用到RNA上统称作RNA-seq或RNA测序，它已成为基因表达和转录组分析的重要手段。第二代转录组测序数据中含有大量不编码蛋白质的ncRNA序列，因为它们像宇宙中的暗物质一样难以识别和有重要功能，也被称为“基因组暗物质”。由于数据量巨大，保守性差，又有噪音干扰，这些“暗物质”的识别成为表观遗传学和调控网络研究的瓶... 阅读全文

posted @ 2011-12-15 22:22 emanlee 阅读(475) 评论(0) 推荐(0)

Toward the blood-borne miRNome of human diseases

摘要：德国多个研究机构的研究人员绘制了来自病人血液的miRNA表达谱，其中包括自体免疫疾病、癌症、心血管疾病以及慢性炎症患者。该研究成果发表在9月4日的《自然—方法学》（Nature Methods）在线版上。在一项多中心研究中，研究人员对患病个体的454个血液样本进行芯片分析，确定了863个microRNA的表达谱，并利用实时定量PCR验证了此miRNA组（miRNome）。他们检测了所有疾病的... 阅读全文

posted @ 2011-12-10 20:59 emanlee 阅读(494) 评论(0) 推荐(0)

RNAfold的使用方法

摘要：RNAfold是预测序列二级结构的软件。本地版下载地址： http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/windoze/ 在上面网址中还有其他预测结构的软件可供下载。现在主要介绍一下本地下载版的使用方法： 1.不能够双击应用程序，若双击RNAfold.exe应用,只能手动输入序列，而且只能一条一条输入，极其麻烦。 2.应该在Dos... 阅读全文

posted @ 2011-11-23 08:31 emanlee 阅读(11028) 评论(0) 推荐(0)

MEGABLAST

摘要：megablast 采用贪婪式算法，速度较一般blast快，多用于数据量大且序列相似性较高的情况。megablast 参数说明./megablast --helpmegablast 2.2.11 arguments: -d Database [String] default = nr -i Query File [File In] -e Expectation value [Real] default = 10.0 -m alignment view options: 0 = pairwise, 1 = query-anchored showing i... 阅读全文

posted @ 2011-11-19 10:01 emanlee 阅读(3794) 评论(0) 推荐(0)

blast formatdb 使用方法介绍

摘要：formatdb is an outdated software tool in molecular bioinformatics to format protein or nucleotide databases for BLAST. It has been replaced by the tool makeblastdb and the NCBI "strongly encourage[s]" users to stop using formatdb.The formatdb.exe program is part of the BLAST release, which 阅读全文

posted @ 2011-11-18 20:16 emanlee 阅读(15164) 评论(0) 推荐(0)

What is Bowtie?

摘要：What is Bowtie 2? Bowtie 2 is an ultrafast and memory-efficient tool for aligning sequencing reads to long reference sequences. It is particularly good at aligning reads of about 50 up to 100s or 1,0... 阅读全文

posted @ 2011-11-12 12:24 emanlee 阅读(525) 评论(0) 推荐(0)

如何看懂NCBI BLAST输出结果

摘要：解读报告前需要掌握的概念 alignments 代表比对上的两个序列 hits 表示两个序列比对上的片段 Score 比对得分，如果序列匹配上得分，不一样，减分，分值越高，两个序列相似性越高 E Value 值越小，越可信，相对的一个统计值。 Length 输入序列的长度 Identities 一致性，就是两个序列有多少是一样的 Query 代表输入序列... 阅读全文

posted @ 2011-11-11 10:48 emanlee 阅读(4576) 评论(0) 推荐(0)

Randfold安装

摘要：安装Randfold 软件下载：http://bioinformatics.psb.ugent.be/supplementary_data/erbon/nov2003/ 安装：tar zxvf randfold.tar.gz cd randfold-2.0 make cp randfold /usr/local/bin ... 阅读全文

posted @ 2011-11-11 10:39 emanlee 阅读(1750) 评论(0) 推荐(0)

肿瘤基础知识

摘要：1 什么是肿瘤肿瘤由于机体组织遗传性改变而产生的具有相对自主性增生能力的细胞群，又称新生物。肿瘤组织由癌细胞及间质构成，癌细胞是由正常细胞转化来的异常增生细胞，肿瘤可发生在人体的许多器官和组织。 2 肿瘤如何分类根据肿瘤对人体危害的大小及其生长特性而分为良性肿瘤和恶性肿瘤两类。良性肿瘤生长缓慢，呈膨胀性生长，表面常有完整包膜，除局部症状外较少全身症状，不向周围组织浸润也不向全身转移，... 阅读全文

posted @ 2011-08-16 09:36 emanlee 阅读(1993) 评论(0) 推荐(0)

肿瘤的生长可分为无血管期和有血管期

摘要：肿瘤的生长可以分为两个时期，即无血管期和有血管期。无血管期的肿瘤细胞主要靠弥散的方式来吸收营养和氧气，瘤体生长缓慢，通常长到1毫米大时，仅仅依靠弥散吸收营养和氧气就难以维持瘤体的生长需要了。此时，肿瘤细胞就会分泌出一些化学物质，激活血管内皮细胞生长因子，促使肿瘤血管新生，一旦肿瘤血管出现，肿瘤吸收营养和氧气的方式就由弥散式转为灌注式，营养和氧气大量供给，肿瘤生长进入快速增殖期。肿瘤血管生成 h... 阅读全文

posted @ 2011-08-16 09:19 emanlee 阅读(753) 评论(0) 推荐(0)

生物信息学相关网站

摘要：生物信息学与生物计算：http://bioinformatics.weizmann.ac.il/ 这是生物信息学和生物计算学的网站，由Weizmann科学研究所，生物服务部和Crown人类基因组学中心支持。研究领域主要涵盖序列分析，蛋白质组学和基因组学等。该网站提供了数据库，电子论坛，教育，新闻，软件，招聘启事等。该网站还提供了相关链接，包括欧洲分子生物学以色列国家网点，以色列国家基因组基础设施实... 阅读全文

posted @ 2011-08-07 23:04 emanlee 阅读(12601) 评论(0) 推荐(2)

Gene Ontology （GO）简介

摘要：为了查找某个研究领域的相关信息，生物学家往往要花费大量的时间，更糟糕的是，不同的生物学数据库可能会使用不同的术语，好比是一些方言一样，这让信息查找更加麻烦，尤其是使得机器查找无章可循。Gene Ontology就是为了解决这种问题而发起的一个项目。 Gene Ontology中最基本的概念是term。GO里面的每一个entry都有一个唯一的数字标记，形如GO:nnnnnnn，还有一个term名，比如"cell", "fibroblast growth factor receptor binding"，或者"signal transduction 阅读全文

posted @ 2011-08-02 17:53 emanlee 阅读(19430) 评论(1) 推荐(1)

氨基酸周期表

摘要：http://blog.csdn.net/casularm/article/details/2793747 阅读全文

posted @ 2011-07-30 21:51 emanlee 阅读(1909) 评论(0) 推荐(0)

rasmol使用方法

摘要：rasmol软件简介及详细使用说明：目前在结构生物学领域有许多图形显示的程序，每个都有自己不同的特点。可能很多人知道rasmol，除了图形界面中的一些功能外，该程序的命令行方式有着很强大的功能。下面将介绍一些常用的使用方法。 Rasmol（http://www.openrasmol.org/）程序有多种版本，有unix, windows, Mac等。另外还有一个windows和linux版本ht... 阅读全文

posted @ 2011-07-17 20:58 emanlee 阅读(8775) 评论(0) 推荐(0)

complementary DNA, cDNA

摘要：In genetics, complementary DNA (cDNA) is DNA synthesized['sinθisaiz] from a mature mRNA template in a reaction catalyzed['kætəlaiz] by the enzyme reverse transcriptase and the enzyme DNA polymerase. c... 阅读全文

posted @ 2011-07-03 21:58 emanlee 阅读(477) 评论(0) 推荐(0)

生物信息专业都学些什么编程语言？

摘要：以前上课学的C/C++/Java/C#/汇编。自学的perl/python/matlab/R/等等。其实用什么语言搞科研主要看老板，我最初老板和组里其他人都用perl，我也学perl。这样方便大家交换程序。现在的老板用python，我就开始学python了。其实觉得bioinformatics的本科都会教c或者java，会了c/java其中任何一个，再学perl或者python或者matlab就都是非常容易的。现在这个领域里用的最多的我觉得是python,正在慢慢取代perl。matlab因为不免费，流行不广不如python,perl,java。但是我觉得确实最方便最适合搞计算方面研究的（如阅读全文

posted @ 2011-07-01 16:28 emanlee 阅读(9907) 评论(2) 推荐(2)

小干扰RNA

摘要：小干扰RNA（Small interfering RNA；siRNA）有时称为短干扰RNA（short interfering RNA）或沉默RNA（silencing RNA），是一个长20到25个核苷酸的双股RNA，在生物学上有许多不同的用途。目前已知siRNA主要参与RNA干扰（RNAi）现象，以带有专一性的方式调节基因的表达。此外，也参与一些与RNAi相关的反应途径，例如抗病毒机制或是染色... 阅读全文

posted @ 2011-06-30 22:49 emanlee 阅读(1452) 评论(0) 推荐(0)

随笔分类 - [25] 生物信息学