[25] 生物信息学 - 随笔分类(第4页) - emanlee

EndNote 的漫游数据库（Traveling Library）

摘要：漫游数据库简介 EndNote 在 Word 中插入文献都是保存为域代码的形式。域代码中包含文献的大多数据信息，也包含漫游数据库中引用的文献。当利用 EndNote 第一次格式化引文时，EndNote 会查找本地数据库的相应的文献。如果再次格式化文献，同样 EndNote 也会在本地数据库中查找相阅读全文

posted @ 2020-04-14 21:31 emanlee 阅读(6016) 评论(0) 推荐(0)

Endnote 教程之合并 endnote library

摘要：1. 简单合并两个 library （1）Library 1： File -- Save a Copy -- 可以把一个library保存为 enl 格式（2）打开 Library 2，点击Import按钮，选择 Library 1的 enl 文件即可 2. 合并其他数据库某一部分文献（1）L 阅读全文

posted @ 2020-04-14 21:13 emanlee 阅读(3596) 评论(0) 推荐(0)

SpidermiR

摘要：# https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/SpidermiR.htmlsource("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("SpidermiR") Error: pack 阅读全文

posted @ 2020-03-24 08:45 emanlee 阅读(247) 评论(0) 推荐(0)

KEGG PATHWAY

摘要：KEGG PATHWAY Database KEGG PATHWAY 数据库是一个手工画的代谢通路的集合，包含以下几方面的分子间相互作用和反应网络： 1.新陈代谢 2.遗传信息加工 3.环境信息加工 4.细胞过程 5.生物体系统 6.人类疾病 7.药物开发 PATHWAY的五种类型仅仅第一种参考通阅读全文

posted @ 2020-03-15 21:58 emanlee 阅读(1774) 评论(0) 推荐(0)

ATAC-seq 染色质可及性/开放性

摘要：ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing）是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性（阅读全文

posted @ 2020-02-22 18:57 emanlee 阅读(2895) 评论(0) 推荐(0)

Hi-C 入门基础知识

摘要：Hi-C是研究三维结构的一种方法。Hi-C技术源于染色体构象捕获（Chromosome Conformation Capture, 3C）技术，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质三维结构信息。背景介绍DNA在染色体上阅读全文

posted @ 2020-02-21 22:15 emanlee 阅读(4352) 评论(0) 推荐(0)

组蛋白常见修饰及其位置列表

摘要：1. 组蛋白 “核小体”是染色体的基本结构单位。4种组蛋白，各2个组成一个8聚体，DNA链再缠绕上去，就形成核小体了。每个组蛋白肽链都有氮端和碳端两个“尾巴”，这些“尾巴”上的氨基酸可以被加上一些化学基团，即“修饰”。 2. 有哪些修饰？按照化学基团来分乙酰化（赖氨酸上面）、单/双/三甲基化（赖氨酸阅读全文

posted @ 2020-02-21 19:12 emanlee 阅读(6792) 评论(0) 推荐(0)

外文投稿时应该如何填写有关Social Media的问题?

摘要：外文投稿时应该如何填写有关Social Media的问题? 1 *Please supply our social media editor with a "tweet" or short blurb about your article, which may or may not be used 阅读全文

posted @ 2019-12-07 22:48 emanlee 阅读(5430) 评论(0) 推荐(0)

What programming language is best for a bioinformatics beginner?

摘要：probably Unix Shell scripts, Perl, or Python and R can be the best options. 1-python 2-R 3-perl I would say, Python AND R. Although, just python would 阅读全文

posted @ 2019-10-27 10:31 emanlee 阅读(378) 评论(0) 推荐(0)

科研学术：生物信息类期刊全集大全

摘要：计算生物学，生物信息学，计算生物信息学杂志期刊 BMC BioinformaticsBMC Genomics BMC System Biology BMC subs BRIEFINGS IN BIOINFORMATICSBioinformaticsCOMPUTATIONAL BIOLOGY AN 阅读全文

posted @ 2019-10-25 09:00 emanlee 阅读(8750) 评论(0) 推荐(0)

Trimmomatic过滤Illumina低质量序列

摘要：1. 下载安装直接去官网下载二进制软件,解压后的trimmomatic-0.36.jar即为我们需要的软件官网： http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic wget http://www.usadellab.org/cms/u 阅读全文

posted @ 2019-01-26 23:10 emanlee 阅读(3365) 评论(0) 推荐(0)

测序数据质控（fastqc 下载安装使用）

摘要：fastqc用于查看测序数据的质量。 1.下载： http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects 阅读全文

posted @ 2019-01-21 12:05 emanlee 阅读(1430) 评论(0) 推荐(1)

Trim Galore用法及参数考量

摘要：Trim Galore是一个非常流行的用于「去接头序列」的软件，用于处理高通量测序得到的原始数据。通常我们从测序公司拿到数据后，第一步就是评估数据的质量以及对raw data去接头处理。公司拿来的数据通常附带了clean data以及去接头的说明文件，我自己重新实现了一下trim的过程。参数都是根据阅读全文

posted @ 2019-01-21 12:04 emanlee 阅读(8104) 评论(0) 推荐(0)

Directional RNA-seq data -which parameters to choose?

摘要：Directional RNA-seq data -which parameters to choose? REF: https://chipster.csc.fi/manual/library-type-summary.html Directional RNA-seq methods are ga 阅读全文

posted @ 2019-01-20 22:01 emanlee 阅读(2511) 评论(0) 推荐(0)

StringTie用法详解

摘要：StringTie 参考链接： https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual#input https://www.cnblogs.com/adawong/articles/7977314.html 参数简介 StringTie 阅读全文

posted @ 2019-01-15 14:31 emanlee 阅读(21259) 评论(0) 推荐(0)

FastQC结果详解

摘要：REF https://www.plob.org/article/5987.html fastqc的下载安装和使用 https://www.cnblogs.com/emanlee/p/10298056.html 解压后，查看html格式的结果报告。结果分为如下几项：结果分为绿色的"PASS"，阅读全文

posted @ 2019-01-15 14:03 emanlee 阅读(4369) 评论(0) 推荐(0)

TCGA phenotype各列的含义

摘要：REF: https://puma.princeton.edu/cgi-bin/tools/viewSchema.pl?table=CLINICAL_SAMPLE http://isb-cancer-genomics-cloud.readthedocs.io/en/latest/sections/p 阅读全文

posted @ 2017-10-07 21:41 emanlee 阅读(6516) 评论(0) 推荐(0)

samtools can not find libbz2.so.1.0

摘要：Error： samtoolssamtools: error while loading shared libraries: libbz2.so.1.0: cannot open shared object file: No such file or directory Solution： [roo 阅读全文

posted @ 2017-08-09 14:39 emanlee 阅读(3749) 评论(0) 推荐(0)

Chromosome coordinate systems: 0-based, 1-based

摘要：From: https://arnaudceol.wordpress.com/2014/09/18/chromosome-coordinate-systems-0-based-1-based/ I’ve had hard time figuring out that different websit 阅读全文

posted @ 2017-05-13 11:49 emanlee 阅读(664) 评论(0) 推荐(0)

MACS2 安装与使用

摘要：1）下载MACS2 下载网址： https://pypi.python.org/pypi/MACS2 (有下载网址和安装、使用示例) 下载网址： $ python setup.py install出现如下问题： MACS2/cProb.c -o error: #error Do not use th 阅读全文

posted @ 2016-12-25 08:48 emanlee 阅读(7237) 评论(0) 推荐(0)

随笔分类 - [25] 生物信息学