[25] 生物信息学 - 随笔分类(第5页) - emanlee

核苷酸和氨基酸蛋白序列转换的工具

摘要：在线序列转换的工具： Nucleotide Sequence Translation Protein Sequence Back-translation http://bio.lundberg.gu.se/edu/translat.html http://www.ebi.ac.uk/Tools/st 阅读全文

posted @ 2016-08-26 10:08 emanlee 阅读(37911) 评论(0) 推荐(0)

合并基因表达水平(merge gene expression levels, FPKM)

摘要：使用tophat和cufflinks计算RNA-seq数据的表达水平时，当一个基因在一个样本中有多个表达水平时需要合并它们的表达水平。 This code is a solution to collapsing duplicate FPKMs for a gene. CollapseFPKM Col 阅读全文

posted @ 2016-05-26 09:34 emanlee 阅读(2009) 评论(0) 推荐(0)

bam/sam格式说明

摘要：在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔（\t），从左到右分别是： 1 QNAME,序列的名字（Read的名字） 2 FLAG, 概括出一个合适的标记，各个数字分别代表 1 序列是一对序列中的一个 2 比对结果是一个pair-end比对的末端 4 没有找到位点 8 这个序列是pair中的阅读全文

posted @ 2016-04-08 09:24 emanlee 阅读(8682) 评论(0) 推荐(1)

tophat cufflinks cuffcompare cuffmerge 的使用

摘要：Cole Trapnellsaid：there are three strategies:1) merge bams and assemble in a single run of Cufflinks2) assemble each bam and cuffcompare them to get a... 阅读全文

posted @ 2015-12-23 20:46 emanlee 阅读(2397) 评论(0) 推荐(0)

liftover的使用/用法

摘要：Lift genome positionsGenome positions are best represented inBED format. UCSC provides tools to convert BED file from one genome assembly to another.B... 阅读全文

posted @ 2015-12-21 19:28 emanlee 阅读(7659) 评论(0) 推荐(0)

could not find function "summarizeOverlaps"

摘要：library(GenomicAlignments) 阅读全文

posted @ 2015-11-07 17:57 emanlee 阅读(410) 评论(0) 推荐(0)

统计tophat map上的read数量

摘要：samtools flagstat /SRA111111/SRR111222/accepted_hits.bam 78406056 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads) (1)0 + 0 duplicates78406056 + 0 map 阅读全文

posted @ 2015-09-21 19:46 emanlee 阅读(1372) 评论(0) 推荐(0)

统计fastq文件中读段的数量

摘要：mycount=`cat SRR108114_new_1.fastq | wc -l` echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_1.fastq: '$((mycount/4)) >> SRR108114.stat mycount=`cat SRR1081... 阅读全文

posted @ 2015-09-21 18:36 emanlee 阅读(1007) 评论(0) 推荐(0)

Systematic LncRNA Classification

摘要：Systematic LncRNA ClassificationFrom: http://www.arraystar.com/Services/Services_main.asp?ID=307Analyzing the genomic context of LncRNAs can help pred... 阅读全文

posted @ 2015-08-22 11:24 emanlee 阅读(1356) 评论(0) 推荐(0)

lncRNA研究

摘要：-------------------------------Long noncoding RNAs are rarely translated in two human cell lines.（蛋白，多肽）Bánfai B, Jia H, Khatun J, Wood E, Risk B, Gun... 阅读全文

posted @ 2015-08-21 23:21 emanlee 阅读(5563) 评论(0) 推荐(1)

长链非编码RNA（lncRNA）

摘要：长链非编码RNA（lncRNA）转自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_909da11301010bkz.html长链非编码RNA(lncRNA)是一类转录本长度超过200nt的RNA分子，它们并不编码蛋白，而是以RNA的形式在多种层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后... 阅读全文

posted @ 2015-08-21 21:25 emanlee 阅读(14032) 评论(1) 推荐(0)

权威发布：长链非编码RNA命名规则

摘要：转自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_8088f3700101pab7.html权威发布：长链非编码RNA命名规则对于人类基因命名标准的制定而言，雨果基因命名委员会（HGNC）是唯一官方授权的机构。HGNC的数据库中有38000个基因名称，其中大部分是编码蛋白基因；但H... 阅读全文

posted @ 2015-08-21 20:40 emanlee 阅读(11601) 评论(0) 推荐(0)

GBrowse配置相关资料

摘要：GBrowse配置相关资料(形状、颜色、配置、gff3)http://gmod.org/wiki/Glyphs_and_Glyph_Optionshttp://gmod.org/wiki/GBrowse_Configuration/Glyphshttp://gmod.org/wiki/GBrowse... 阅读全文

posted @ 2015-07-05 08:26 emanlee 阅读(477) 评论(0) 推荐(0)

How To Use Coordinates To Extract Sequences In Fasta File

摘要：[1] bedtools (https://github.com/arq5x/bedtools2)here is also bedtools (https://github.com/arq5x/bedtools2) getfasta. It uses Erik's code under the ho... 阅读全文

posted @ 2015-06-14 15:46 emanlee 阅读(1252) 评论(0) 推荐(0)

Filter FASTA files

摘要：Use a regular expression for filtering sequences by id from a FASTA file, e.g. just certain chromosomes from a genome. There are other toolsas part of... 阅读全文

posted @ 2015-06-14 12:06 emanlee 阅读(517) 评论(0) 推荐(0)

install tabix/bgzip

摘要：bgzip – Block compression/decompression utilitytabix – Generic indexer for TAB-delimited genome position filesSAMtoolsandBCFtoolsare distributed as in... 阅读全文

posted @ 2015-06-14 10:27 emanlee 阅读(13945) 评论(0) 推荐(0)

VCF （Variant Call Format）格式详解

摘要：VCF文件示例（VCFv4.2）##fileformat=VCFv4.2##fileDate=20090805##source=myImputationProgramV3.1##reference=file:///seq/references/1000GenomesPilot-NCBI36.fast... 阅读全文

posted @ 2015-06-08 21:55 emanlee 阅读(27732) 评论(0) 推荐(7)

Extracting info from VCF files

摘要：R, BioconductorfilterVcf: Extract Variants of Interest from a Large VCF File (Paul Shannon)We demonstrate three methods: filtering by genomic region, ... 阅读全文

posted @ 2015-06-08 21:28 emanlee 阅读(982) 评论(0) 推荐(0)

VCFtools

摘要：The C++ executable module examples This page provides usage examples for the executable module. Extended documentation for all of the options can be f 阅读全文

posted @ 2015-03-31 21:09 emanlee 阅读(13451) 评论(0) 推荐(0)

如何检查BioPerl是否正确安装

摘要：如果是Linux系统，随意打开一个终端；如果用的是Windows系统，那么打开命令提示符。输入以下命令： perldoc Bio::SeqIO 以上命令的作用是查看Bio::SeqIO模块的文档是否存在，如果存在，则会有相应的文档输出，则安装了Bio::SeqIO模块；如果没有，说明Perl找不到阅读全文

posted @ 2015-03-31 18:44 emanlee 阅读(4583) 评论(0) 推荐(0)

随笔分类 - [25] 生物信息学