[25] 生物信息学 - 随笔分类(第2页) - emanlee

单细胞测序 doublet 二聚体

摘要：Doublets及其形成的原因单细胞测序期望每个 barcode 标签下只有一个真实的细胞，但是实际数据中会有两个或多个细胞共用一个 barcode 的情况，业内称之为 doublets 或 multiplets（后面统称为 doublets）。Doublets 形成的原因主要是高通量单细胞测序一般阅读全文

posted @ 2021-06-27 16:04 emanlee 阅读(2191) 评论(0) 推荐(0)

单细胞测序批次效应 batch effect

摘要：什么是批次效应？大型的单细胞测序项目一般都会产生许多细胞，这些样本制备过程很难保持时间一致、试剂一致，另外上机测序的时候也不一定在同一个测序仪上。具体可以看这篇文章： https://www.nature.com/articles/nrg2825 Batch effects are sub-gro 阅读全文

posted @ 2021-06-27 10:59 emanlee 阅读(3225) 评论(0) 推荐(0)

单细胞测序技术概述

摘要：单细胞测序技术是指在单个细胞水平上对转录组或基因组进行扩增并测序，以检测单细胞在基因组（结构变异-Structural Variations-SVs；拷贝数变异-Copy number variants-CNVs；单核苷酸变异-Single nucleotide variants-SNVs等），转录阅读全文

posted @ 2021-06-27 10:29 emanlee 阅读(4730) 评论(0) 推荐(0)

单细胞测序 RNA velocity | RNA速率

摘要：单细胞测序 RNA velocity | RNA速率 RNA velocity：the time derivative of the gene expression state—can be directly estimated by distinguishing between unspliced 阅读全文

posted @ 2021-06-27 10:21 emanlee 阅读(1007) 评论(0) 推荐(0)

单细胞测序的应用

摘要：单细胞测序的临床应用体外受精的胚胎测序：在把胚胎植回母体之前，先取一个细胞进行测序，确认基因正常后再植回，以保证胚胎是正常的。新一代NITP：胎儿有核红细胞和滋养层细胞进行测序。 CTC细胞测序：癌症的血液检测，通过对血液中的肿瘤细胞进行测序，找到突变位点，有针对性进行靶向药物治疗。肿瘤亚细胞群阅读全文

posted @ 2021-06-27 09:25 emanlee 阅读(884) 评论(0) 推荐(0)

单细胞测序的挑战

摘要：单细胞测序的挑战与传统的“bulk” RNA-seq不同，单细胞RNA-seq的主要区别在于一个测序文库代表一个细胞，而不是大量的细胞（Drop-seq例外，其利用细胞UMI和分子UMI将大量细胞建成一个文库）。因此，须加倍关注单细胞测序文库之间的不同。文库间的差异性主要体现在：扩增效率（Amp 阅读全文

posted @ 2021-06-27 09:20 emanlee 阅读(689) 评论(0) 推荐(0)

单细胞测序 UMI 10X Barcode

摘要：为了减少由于扩增引起的误差，人们在一些单细胞测序的步骤中增加了 UMI（unique molecular identifiers），UMIs 是由 4-10 个随机核苷酸组成的序列，在 mRNA 反转录后，进入到文库中，每一个 mRNA，随机连上一个 UMI，因此可以计数不同的 UMI，最终计数 m 阅读全文

posted @ 2021-06-26 08:53 emanlee 阅读(18770) 评论(0) 推荐(2)

单细胞测序之质控分析（QC 质量控制）

摘要：单细胞测序之质控分析（QC）为什么要做质控？在细胞分离过程中的细胞损伤或者文库制备的失败（无效的逆转录或者PCR扩增失败），往往会引入一些低质量的数据。这些低质量的数据的主要特点是（以下一行表示一个基因，一列表示一个细胞）：细胞整体上的counts值少（从列的角度看，一列数据的总和偏小）基因的低阅读全文

posted @ 2021-06-25 19:31 emanlee 阅读(4561) 评论(0) 推荐(0)

invalid class “Graph” object: superclass "Mnumeric" not defined

摘要：> scRNA <- FindNeighbors(scRNA, dims = pc.num) Computing nearest neighbor graph Computing SNN Error in validObject(.Object) : invalid class “Graph” ob 阅读全文

posted @ 2021-06-23 21:36 emanlee 阅读(1157) 评论(0) 推荐(0)

PCA FactoMineR 绘图

摘要：install.packages('FactoMineR') install.packages('factoextra') library("FactoMineR") library("factoextra") 阅读全文

posted @ 2021-06-14 18:12 emanlee 阅读(301) 评论(0) 推荐(0)

R语言绘制热图 pheatmap

摘要：pheatmap实际上是 Pretty Heatmaps 的缩写，简单地来说，一个可以傻瓜式绘制聚类热图的R包。常用参数介绍基础设置main 图的名字file 要保存图的名字color 表示颜色，赋值渐变颜色调色板colorRampPalette属性，选择“绿，黑，红”渐变，分为100个等级,，例：阅读全文

posted @ 2021-06-14 17:10 emanlee 阅读(1982) 评论(0) 推荐(0)

edgeR的使用

摘要：edgeR包是进行RNA-seq数据分析非常常用的一个R包。该包需要输入每个基因关于每个样本的reads数的数据，每行对应一个基因，每一列对应一个样本。安装edgeR 先启动R，然后运行下面代码：if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE 阅读全文

posted @ 2021-06-13 22:25 emanlee 阅读(1515) 评论(0) 推荐(0)

单细胞测序相关资源

摘要：RNA的表达水平矩阵稀疏把reads比对到基因组，然后计算比对到基因上的read count。发现表达矩阵十分稀疏。 RNA的表达水平填补问题：相对于bulk转录组测序，单细胞测序具有更高的噪声水平。单细胞测序时，有些基因表达量较低而无法完全被检测到，这种由技术造成的检测基因表达数据不真实的情阅读全文

posted @ 2021-06-13 10:14 emanlee 阅读(225) 评论(0) 推荐(0)

参考基因组

摘要：参考基因组版本命名参考基因组联盟（Genome Reference Consortium），它是由 NCBI，EBI，桑格研究所等机构组成。GRC 利用最佳的技术装配，纠正，增加基因组序列，以此作为在生信分析领域作为参考的基因组。人基因组官名叫 GRCh38 （Genome Reference Co 阅读全文

posted @ 2021-06-12 12:52 emanlee 阅读(1832) 评论(0) 推荐(0)

featureCounts 安装和使用

摘要：官网：http://subread.sourceforge.net/ Subread package: high-performance read alignment, quantification and mutation discovery The Subread package compris 阅读全文

posted @ 2021-06-12 07:49 emanlee 阅读(7021) 评论(0) 推荐(0)

用blast blastn进行短序列的搜索（比对）

摘要：blastn 多加上 -task blastn-short -word_size 7 -evalue 1 -task：设置比对模式，通常情况会有一个默认task，这里要设置为blastn-short -word_size：尽可能小，这里设为7 -evalue：类似于p值的一个指标，越小说明越可靠 T 阅读全文

posted @ 2021-05-17 17:25 emanlee 阅读(2505) 评论(0) 推荐(0)

列线图（Alignment Diagram），又称诺莫图（Nomogram图）

摘要：列线图（Nomogram）可以用于多指标联合诊断或预测疾病发病或进展。列线图（Alignment Diagram），又称诺莫图（Nomogram图），它是建立在多因素回归分析的基础上，将多个预测指标进行整合，然后采用带有刻度的线段，按照一定的比例绘制在同一平面上，从而用以表达预测模型中各个变量之间阅读全文

posted @ 2021-04-05 11:37 emanlee 阅读(12817) 评论(0) 推荐(0)

通过GO的全名描述获得GO ID

摘要：# load the GO library library(GO.db) # extract a named vector of all terms goterms <- Term(GOTERM) # work with it in R, or export it to a file write.t 阅读全文

posted @ 2021-04-01 11:36 emanlee 阅读(548) 评论(0) 推荐(0)

Windows 安装 sratoolkit （prefetch）

摘要：下载 sratoolkit https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.0/sratoolkit.2.11.0-win6 阅读全文

posted @ 2021-03-24 23:03 emanlee 阅读(448) 评论(0) 推荐(0)

Cytoscape 边上的箭头不显示出来

摘要：Cytoscape 边上的箭头不显示出来可以修改配置： Edit 菜单 | Preferences 菜单 | Properties 菜单把600改为10000或改的更大一些。 Parameters for Controlling LOD The default values used to de 阅读全文

posted @ 2021-03-23 14:00 emanlee 阅读(414) 评论(0) 推荐(0)

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