linux安装 openbabel pybel

文档在此 https://open-babel.readthedocs.io/en/latest/UseTheLibrary/PythonInstall.html

 

首先，pip install pybel安装的是 pyBEL，是不相干的另外一个库，所以不要这么做。

需要安装的是openbabel这个库，但是，pip install openbabel安装的其实只是一个python接口，实际程序需要另行安装。

 

流程：

首先安装系统对应版本的openbabel，可以选择源码安装（版本新，可以一步到位），或者二进制文件安装（适合懒人？）。

源码安装可以参考此文https://www.linuxidc.com/Linux/2017-01/139569.htm。需要注意的是，如果选择不装在/usr/local/lib里，需要自行将openbabel的头添加到PYTHONPATH中。

二进制文件安装就不讲了。装好二进制文件以后安装对应版本的openbabel（python）就行。

 

如果你发现，你系统提供的openbabel文件和python提供的openbabel版本没一个对得上或者对得上的版本都太老了，又或者你的系统里有多个python环境，怎么办？

建议

1.查看pip安装的openbabel版本是什么

2.到这里查找对应版本的源码，并编译安装在本机（不要设定安装python bindings）

3.pip install openbabel

 

出现 ImportError: libopenbabel.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory 

就在~/.bashrc最后加一句

export LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/lib/:$LD_LIBRARY_PATH"
# 这里的/usr/local/lib/ 需要换成你的openbabel安装地址