本周最新文献速递20210411

本周最新文献速递20210411

一

文献题目： Functional and structural basis of extreme conservation in vertebrate 5′ untranslated regions

不想看英文题目： 脊椎动物极端保守5'非翻译区的功能和结构基础

杂志和影响因子： Nat Genet（27.603 1区 ）

研究意义： 脊椎动物基因组非编码区存在极端保守性序列，但这些序列为何保守以及其功能，均没有很好的解答。此研究通过超保守5'UTRs（h5UTR）序列揭示其在非典型翻译调控中的作用。

结论：

1）与非保守5'UTR基因相比，h5UTR 基因的转录水平和蛋白质水平相关性较低，表明 h5UTR 保守序列可能参与转录后调控；

2）h5UTR 影响mRNA的翻译效率；

3）利用大规模报告基因分析，发现 h5UTR 中的非规范翻译增强子元件影响翻译效率，说明 h5UTR 基因可能通过元件的极端保守性影响翻译效率；

4）对h5UTR RNA 结构进行探究，发现保守 RNA 结构元件可能会影响关键发育基因的转录后调控；

5）随后，作者开发了一种映射细胞内RNA结构的新方法——细胞内突变和图谱（icM 2），发现 h5UTR 编码多个可变 RNA 结构；

6）h5UTR 保守元件上的核苷酸维持可变 RNA 结构平衡，并调控蛋白质的动态表达；

7）综上，极端序列保守性可影响脊椎动物基因组非翻译区 RNA 水平生物学功能；

文章链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33821006/

doi: 10.1038/s41588-021-00830-1

公开的资料：

Raw sequencing data：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE155656

RNA Mapping Database (RMDB)：https://rmdb.stanford.edu/detail/CSDE1_DMS_0000
https://rmdb.stanford.edu/detail/CSDE1_DMS_0001

Code:
https://github.com/barnalab/icm2p

二

文献题目： Genome-wide enhancer maps link risk variants to disease genes

不想看英文题目： 全基因组增强子图谱构建了风险变异位点和致病基因的桥梁（又名：从增强子角度探究变异位点以及调控的靶基因）

杂志和影响因子： Nature（42.778 1区 ）

研究意义： 全基因组关联研究（GWAS）鉴定了成千上万个人类疾病/复杂性状的变异位点。其中部分变异位点影响增强子活性，但这些位点的靶基因一直未被很好的阐明。

结论：

1）作者首先开发了ABC模型（the activity-by-contact），该模型可预测增强子调控的靶基因；

2）随后，将ABC模型应用在 ENCODE Project 数据上，包括 131 个生物样本、23,219 个表达基因、269,539 个增强子，并构建了 6,316,021 个增强子-基因连接图谱（增强子图谱）；

3）ABC模型可识别疾病/复杂性状的特定细胞类型以及相应的靶基因，且准确性和召回率比 SMR，coloc，MAGMA 等软件高；

4）将 ABC 模型应用在 72 种疾病/复杂性状上，发现5,036 个 变异位点与 2,249 个基因的增强子区域重合，其中 577 个基因在不同细胞类型中通过增强子变异位点影响不同的表型；

文章链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33828297/

doi: 10.1038/s41586-021-03446-x

公开的资料：

增强子图谱：
https://www.engreitzlab.org/abc/

ATAC-seq和H3K27ac ChIP-seq：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE155555

UK Biobank fine-mapping data for 71 traits：
https://www.finucanelab.org/data

ABC model：
https://github.com/broadinstitute/ABC-Enhancer-Gene-Prediction

ABC-Max and paper-specific analyses：
https://github.com/EngreitzLab/ABC-GWAS-Paper

---

周末愉快~！