本周最新文献速递20201101

本周最新文献速递

一

文献题目： snRNA-seq reveals a subpopulation of adipocytes that regulates thermogenesis

不想看英文题目： snRNA-seq揭示脂肪细胞亚群的产热机制

杂志和影响因子： Nature（42.778 1区 ）

研究目的： 脂肪组织根据其功能通常分为白色、棕色或棕褐色，本研究通过最新的snRNA-seq方法鉴定了新的脂肪细胞亚群，并揭示该亚群通过乙酸盐介导的产热能力调节邻近脂肪细胞的活性。

结论：

1）无监督聚类确定了三个脂肪细胞亚群C1、C2和C3，常规脂肪细胞标志物和棕色脂肪细胞标志物在所有组中均表达；

2）小鼠实验证明P4(包含三种不同温度条件)细胞主要富集在棕色脂肪细胞，用人的数据同样支持该结论；

3）P4细胞标志物CYP2E1+在热中性条件下增加，猜测P4细胞可能是新形成的褐色脂肪细胞；

4）进一步证明CYP2E1 +脂肪细胞控制产热；

5）CYP2E1 + ALDH1A1 +细胞群可以通过调节短链脂肪酸乙酸酯的水平，以旁分泌方式控制脂肪细胞的产热功能；

文章链接：

DOI: 10.1038/s41586-020-2856-x

公开的资料：

网址 https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/下的登记号：

E-MTAB-8561（snRNA-seq of mouse interscapular brown adipocytes at room temperature by Smart-seq2）

E-MTAB-8562 （snRNA-seq of mouse interscapular brown adipocytes in room-temperature, cold-exposure and thermoneutral conditions by 10X sequencing）

E-MTAB-8564 （snRNA-seq of human BAT cells）

E-MTAB-9199 （snRNA-seq of human subcutaneous WAT cells）

E-MTAB-9192 （bulk RNA-seq of mouse iBAT, subscWAT and ingWAT）

二

文献题目： Combined genetic analysis of juvenile idiopathic arthritis clinical subtypes identifies novel risk loci, target genes and key regulatory mechanisms

不想看英文题目： 幼年特发性关节炎临床亚型的组合遗传分析鉴定新的风险基因座、靶基因和关键调控机制

杂志和影响因子： Ann Rheum Dis（16.102 1区）

研究意义： 幼年特发性关节炎患病率低、临床异质性高，对于其遗传风险因素理解有限。基于此，鉴定新的易感位点并建立起位点与靶基因的联系，对于临床转化有着重要作用。

样本量： 3305个病例和9196个健康个体

结论：

1）鉴定了5个新的风险基因座；

2）多个非HLA区域的位点影响幼年特发性关节炎临床亚型；

3）幼年特发性关节炎易感位点富集在转录因子和细胞类型特异性调控区域；

4）幼年特发性关节炎易感位点是15个基因的 eQTL位点；

5）HiChIP数据表明15个基因中，有6个基因的增强子和启动子互作，同时观察到易感位点所在区域与6个基因的启动子区域互作；

文章链接：

DOI: 10.1136/annrheumdis-2020-218481

三 数据库介绍

文献题目： ATACdb: a comprehensive human chromatin accessibility database

不想看英文题目： ATACdb：人类染色质数据库

杂志和影响因子： Nucleic Acids Res（11.501 1区）

数据库网址：

http://www.licpathway.net/ATACdb

包含的数据信息：

1）超过1,400个 ATAC-seq 样本；
2）多种注释信息，包括super-enhancers, typical enhancers, TFs, common SNPs, risk SNPs, eQTLs, LD SNPs, DNA methylation sites, 3D chromatin interactions 和 TADs.

文章链接：

DOI: 10.1093/nar/gkaa943

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