20200420-0426文献速递

文献题目：An analysis of genetically regulated gene expression across multiple tissues implicates novel gene candidates in Alzheimer's disease
不想看英文题目：整合阿尔兹海默症GWAS分析和多组织基因表达调控
杂志和影响因子：Alzheimers Res Ther (IF: 6.142)
样本量：17,008 cases 和 37,154 controls，均为欧洲祖先样本
分析方法：使用 S-PrediXcan整合eqtl和GWAS结果文件鉴定影响阿尔兹海默症的基因、使用 causal gene sets (FOCUS)的方法再次鉴定对阿尔兹海默症疾病有影响的基因，相当于对S-PrediXcan方法鉴定出来的结果做一个重复、通路分析
结论：找到了73个对阿尔兹海默症疾病有影响的组织特异性的基因，确定了10个与阿尔兹海默症有因果关系的候选基因座
文章链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32299494

文献题目：The Architecture of Gene Regulatory Variation across Multiple Human Tissues: The MuTHER Study
不想看英文题目： MuTHER ：调控人类特异性组织基因表达的变异研究
杂志和影响因子：PLoS Genet（IF： 5.224）
样本量：156个淋巴组织细胞, 160个皮肤组织, 166个脂肪组织
结论：与GTEx做的事情类似，也是在找eqtl位点，不过他们只测了人体的三种组织，可以作为GTEx的结果补充。
可用数据http://www.muther.ac.uk/Data.html
文章链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3033383/

文献题目：Local Adaptation of Sun-Exposure-Dependent Gene Expression Regulation in Human Skin
不想看英文题目：人体皮肤日晒依赖相关的基因表达调控的局部进化适应性
杂志和影响因子：PLoS Genet (IF: 5.224)
样本量：607个人类皮肤样本
分析方法：1）通过基因差异表达分析获得在日晒和非日晒皮肤两组中有差异表达的基因；2）查找差异表达基因的eQTL；3）特异性位点与基因表达水平的计算；4）差异cis-eQTL分析；5）cis-reQTL分析；6）使用Bayenv计算se-eQTL的频率与当地辐射水平的相关性分析；
结论：通过计算607个人类皮肤样本的RNA-Seq数据，确认了在日晒皮肤和非日晒皮肤存在差异表达的基因，其中两个与皮肤色素沉着（SLC45A2）和表皮分化（RASSF9）有关。这些差异表达基因由一系列se-eQTL位点影响，se-eQTL位点频率与太阳辐射的强度呈显著相关，说明这些位点可能是人类适应性进化带来的改变
文章链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27760139

文献题目：Subtype-specific gout susceptibility loci and enrichment of selection pressure on ABCG2 and ALDH2 identified by subtype genome-wide meta-analyses of clinically defined gout patients
不想看英文题目：对临床定义的痛风患者进行meta分析鉴定遗传易感性位点ABCG2和ALDH2，并对他们进行选择压力的富集分析
杂志和影响因子：Ann Rheum Dis (IF: 14.299)
样本量： 3053 cases 和 4554 controls
分析方法：通过GWAS查找痛风遗传易感基因，用Singleton Density Score (SDS)评估遗传易感基因在人群中的选择压力。
结论：通过GWAS分析，鉴定出两个新基因座：PIBF1和ACSM2B。使用SDS分析PIBF1和ACSM2B，发现这两个痛风遗传易感基因在日本人群中受到选择压力。
文章链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32238385

文献题目：Genome-wide association studies and Mendelian randomization analyses for leisure sedentary behaviours
不想看英文题目：久坐行为与心血管疾病直接的孟德尔随机化分析
杂志和影响因子：Nat Commun (IF: 11.878)
样本量：503,325个样本，采用UK Biobank的数据
分析方法：确定影响久坐行为的遗传位点，对遗传位点进行基因功能注释、通路分析、eQTL分析，将这些位点作为Exposure，随后用双样本随机化的方法评估久坐行为遗传位点与心血管疾病的因果关系。
结论：通过对看电视时长、计算机使用时长和驾驶时长这三种久坐行为与心血管疾病进行孟德尔随机分析，结果表明看电视时长和驾驶时长与心血管疾病风险增加有因果关系；
文章链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32317632