（五）软件安装：增加可执行权限、环境变量配置、conda

一、手动安装

1. 软件安装一般流程

# 新建文件夹存放软件
mkdir software

# 1.下载软件
wget 
# 2.解压
# 3.[可选]编译
# 4.[可选]增加可执行权限
# 5.添加到 PATH 环境变量

2. 文件权限

[root@www /]# ls -l
total 64
dr-xr-xr-x   2 root root 4096 Dec 14  2012 bin
dr-xr-xr-x   4 root root 4096 Apr 19  2012 boot
……
# 第0位：文件类型
    ## 当为 d 则是目录
    ## 当为 - 则是文件
    ## 若是 l 则表示为链接文档(link file)
    ## 若是 b 则表示为装置文件里面的可供储存的接口设备(可随机存取装置)
    ## 若是 c 则表示为装置文件里面的串行端口设备，例如键盘、鼠标(一次性读取装置)
# 第1-3位：属主（该文件的所有者）拥有该文件的权限
    ## rwx 的三个参数的组合。r 代表可读(read)、 w 代表可写(write)、 x 代表可执行(execute)
    ## 三个权限的位置不变，如果没有权限，就会出现减号 - 
# 第4-6位：属组（所有者的同组用户）拥有该文件的权限
# 第7-9位：其他用户拥有该文件的权限

2.1 更改文件属性：chomod命令

（1）方法一：数字

三个一组计算总数。r: 4、w: 2、x: 1

chmod 777 .bashrc # 文件或目录

（2）方法二：符号

user：用户、group：组、others：其他。u、g、o
=指定权限，wxr可乱序。ugo指定完，用逗号隔开。chmod u=rwx,g=rx,o=r 文件名
+增加权限，-除去权限

touch test1                    // 创建 test1 文件
ls -al test1                   // 查看 test1 默认权限
    -rw-r--r-- 1 root root 0 Nov 15 10:32 test1
chmod u=rwx,g=rx,o=r test1     // 修改 test1 权限
ls -al test1
    -rwxr-xr-- 1 root root 0 Nov 15 10:32 test1

fastqc安装（不需编译）

# 1.下载
wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.12.1.zip

# 2.解压
unzip fastqc_v0.12.1.zip

# 3.[可选]安装java（如无java）
# 4.[可选]增加可执行权限
java -version # 检查是否安装java
which java    # 查看java安装路径
sudo apt update
sudo apt install default-jre
java -version # 验证java是否安装成功

# 4.检查fastqc是否安装成功
./fastqc

3. 环境变量配置

$PATH是Linux/Unix系统中的一个环境变量，组成为一个由冒号 :分隔的目录路径列表
当在终端输入一个命令（如 ls、java或 fastqc）时，系统会按照 $PATH中定义的目录顺序搜索该命令对应的可执行文件

echo $PATH    # 查看环境变量
exit          # 到旧路径没删，退出登录重新登录，每次重新登录会加载.bashrc文件

# 1.修改.bashrc
vim ~/.bashrc

# 2.文件末尾添加新路径。
    ## 路径不用写到可执行文件名fastqc
    ## 等号左右两侧没有空格，有空格会报错
    ## 双引号""可加可不加
export PATH="/新路径:$PATH"  // 添加到开头（优先级最高）
# 或
export PATH="$PATH:/新路径"  // 添加到末尾（优先级最低）

# 3.立即生效。source命令加载脚本文件中的内容并在当前 shell 中直接执行，常用于刷新环境变量或加载配置文件
source $PATH
# 4.验证是否配置成功
fastqc

3.1 .bashrc文件

.bashrc文件是 Linux/Unix 系统中 Bash Shell 的用户级配置文件，全称为 Bash Run Commands。它在用户每次启动新的 交互式 Bash Shell（如打开终端、新标签页或新窗口）时自动执行，用于定制当前用户的 Shell 环境和行为。

定义用户专属的环境变量（如 PATH、JAVA_HOME等）
命令别名（Alias）
Shell 选项配置
定义常用功能函数
每次打开终端时自动执行命令（如显示系统信息）
~/.bashrc（完整路径：/home/用户名/.bashrc）

cp .bashrc .bashrc.bak //备份

万一修改错了，去其他用户下拷贝一份。用不上的删掉

二、自动安装

1. apt

需要管理员权限，系统相关软件

2. conda

不需要管理员权限

# 1.下载minniconda
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 2.运行程序
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 3.添加环境变量，立即生效。若在上一步同意初始化，则不需配置环境变量
source ~/.bashrc
# 4.验证安装成功
conda

# 5.配置channels（软件仓库）
vi .condarc     //在~目录下新建.condarc文件
channels:
  - bioconda
  - defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
  - https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/pkgs/r
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: https://mirror.sjtu.edu.cn/anaconda/cloud/

 
 # 6.搜索软件
 conda search fastqc
 # 7.conda安装
conda install fastqc         //默认安装最新版本
conda install fastqc=0.11.8  //安装特定版本

posted @ 2025-11-18 16:55 asaca_r 阅读(2) 评论(0) 收藏举报

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