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疯子生信
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基于遗传距离的方法构建系统进化树
摘要: 群体遗传学基础分析技能
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posted @ 2020-06-13 11:16 疯子生信
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2025年4月21日
基于在线平台的蛋白质相互作用高效分析策略
摘要: 1. AlphaFold 是由 DeepMind 开发的人工智能蛋白质结构预测系统,能够仅通过氨基酸序列预测高精度的蛋白质三维结构。自其发布以来,已被广泛应用于结构生物学、药物研发、蛋白功能研究等领域。首先从AlphaFold蛋白质结构数据库找到我们需要目的蛋白,选择Reviewed的相关蛋白,再下
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posted @ 2025-04-21 02:54 疯子生信
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2025年4月7日
R语言玩转时间序列:判别分析与模型解释一步到位
摘要: 时间序列的特征数据,用于判类别的分析,如何使用R语言轻松搞定。 1. 对时间序列进行降维分析 我们通过将每一列的特征值按窗口进行划分,然后确定好跳步,如100为一个窗口,50为一个跳步,将高维的数据降维,同时获得以下新的特征。当然除了我代码里面展示的一些特征,还可以根据自己的数据添加斜率、自相关等一
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posted @ 2025-04-07 04:57 疯子生信
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2025年3月28日
如何快速解决单细胞拟时序分析旧版本Monocle包导致的orderCells过程的报错
摘要: 当我们整理好一版本的单细胞转录组数据分析代码,并完成一个项目的单细胞转录组数据分析项目。当我们再进行另外一个单细胞转录组数据的项目分析时,突然发现原来跑通的代谢,突然一直报错那是一件很苦恼的问题,想必各位科研党遇到这种问题是不是也有砸电脑的心情。今天主要写一个如何解决拟时序分析时由于旧版本Monoc
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posted @ 2025-03-28 04:33 疯子生信
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2025年2月13日
使用CB-Dock2网址进行分子对接分析时出现中药单体文件太大无法上传的解决方案
摘要: CB-Dock2 是一种改进的蛋白质-配体盲对接工具,继承了 CB-Dock 服务器中基于曲率的空腔检测程序和基于 AutoDock Vina 的分子对接程序。 cadd.labshare.cn 它通过以下步骤实现全自动的蛋白-配体盲对接计算: 输入蛋白和配体结构数据并进行质量检查:用户上传蛋白质和
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posted @ 2025-02-13 05:30 疯子生信
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2024年12月28日
免疫浸润分析评估bulkRNAseq测序数据的免疫细胞组成-生信分析
摘要: 1. 数据准备 (1) 原始数据处理 质量控制:使用工具(如FastQC)评估测序数据质量。 去接头和过滤:使用工具(如Trimmomatic)去除接头序列和低质量读段。 比对:将reads比对到参考基因组(如使用STAR、HISAT2)。 表达量计算:使用工具(如FeatureCounts或Sal
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posted @ 2024-12-28 07:26 疯子生信
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2021年9月6日
冠心病遗传风险位点调控血管平滑肌细胞的机制
摘要: 冠心病遗传风险位点调控血管平滑肌细胞的机制
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posted @ 2021-09-06 13:04 疯子生信
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2021年4月14日
利用Cytoscape对STITCH基因相互作用结果按Degree进行可视化--生信之中药研究
摘要: 1. 将本研究所用到的目的基因输入至STITCH网站(http://stitch.embl.de)进行基因间的相互作用预测。 2. 点击SEARCH和CONTINUE进行基因的相互作用预测,结果如下图。 3. 在文章发表时我们一般会进行其他可视化,按照基因与基因之间的连接程度大小进行nodes的颜色
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posted @ 2021-04-14 11:55 疯子生信
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2020年5月25日
Plink 估计标间LD情况及其结果文件处理
摘要: 全基因组遗传标记位点的连锁不平衡估计
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posted @ 2020-05-25 08:53 疯子生信
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