基于在线平台的蛋白质相互作用高效分析策略

1. AlphaFold 是由 DeepMind 开发的人工智能蛋白质结构预测系统，能够仅通过氨基酸序列预测高精度的蛋白质三维结构。自其发布以来，已被广泛应用于结构生物学、药物研发、蛋白功能研究等领域。首先从AlphaFold蛋白质结构数据库找到我们需要目的蛋白，选择Reviewed的相关蛋白，再下载蛋白的PDB结构。https://alphafold.ebi.ac.uk/search/text/SP1

2. GRAMM Docking Web Server 是一个基于网页的蛋白质-蛋白质分子对接预测平台，由美国堪萨斯大学（University of Kansas）Vakser 实验室开发。它使用改进的 GRAMM（Global RAnge Molecular Matching）算法，可用于快速预测两种蛋白质在空间中可能的相互结合模式。我们通过上面网址获得两个蛋白的PDB结构后，接下来我们通过GRAMM进行蛋白质与蛋白质的分子对接分析，这个网址非常简洁，我们直接导入蛋白的配受体就可以直接进行分析。https://gramm.compbio.ku.edu

 

3. 通过上述两个平台——GRAMM Docking Web Server 和 AlphaFold Protein Structure Database，研究者可以便捷、高效地开展蛋白质-蛋白质相互作用的结构预测与分析工作，实现从蛋白结构获取到对接模拟建模的一体化流程，为后续功能研究和药物筛选提供坚实的结构基础。