基于遗传距离的方法构建系统进化树

一、基于SNPs和INDELs估计遗传距离

Plink --file --distance-matrix --recode --out Distance.out 

生成两个文件：

1. Distance.out.mdist 

 

2.  Distance.out.mdist.id

 

 二、接下来基于遗传距离矩阵构建系统进化树软件使用

 /lustre/softs/phylip neighbor （邻接法）,输入mdist文件,生成outfile和outree

三、使用Figtree对outree聚类树的可视化

 

引自：Mingzhou Li at al.,  Nature genetics