随笔分类 -  R

摘要：本节主要介绍 Ｒ 下数据的读入与写入 读入1. 最常用的就是 read.table(), read.csv(),查看帮助 help(read.table)2. read.table 示例: myData < read.table("result.txt") head(myData) logFC A... 阅读全文

摘要：本节主要介绍Ｒ的一些常用的基础用法。 参考书籍: "Bioinformatics with R Cookbook" 安装 1. 安装 CRAN 上的包: install.packages("package_name") 2. 安装 Bioconductor 上的包: source... 阅读全文

摘要：本文主要介绍在利用 R 语言包 affy, limma 分析之后如何处理 Affymetrix probe_id 的问题。 单个 probe_id 的查询 一般分析完成后，表格可能如下所示： logFC AveExpr t P.Value adj.P.Val B Os.50472.2... 阅读全文

摘要：本文主要介绍一下基因芯片的简单分析过程。 文档参考 "Using Bioconductor for Microarray Analysis" "affy" "limma" 可以经常看看这个，比较全面 "Processing Affymetrix Gene Expression Arrays" ... 阅读全文

摘要：主要说一下在ubuntu 下如何安装最新版本的R以及 安装目前比较流行易用的IDE RStudio 下载 "下载镜像" 这个镜像在国内速度比较快，选择 Precompiled binary distributions, 后面安装会很简单。 安装R 安装直接点右键选择 open with... 阅读全文

摘要：http://www.bioconductor.org/help/workflows/该网站提供来几个常见的利用Bioconductor 进行分析的一个过程，对于利用R语言进行生物信息学分析来说很有帮助。 阅读全文

摘要：http://labs.genetics.ucla.edu/horvath/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/Tutorials/index.html 阅读全文