R 语言之基础用法

本节主要介绍Ｒ的一些常用的基础用法。

参考书籍: "Bioinformatics with R Cookbook"

安装

1. 安装 CRAN 上的包:

   > install.packages("package_name")

2. 安装 Bioconductor 上的包:

   > source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
   > biocLite("limma")

3. 选择镜像网站(因为默认的镜像网速可能慢):

   对于安装 CRAN 上的包:
   > chooseCRANmirror()

   对于安装 Bioconductor 上的包:
   > chooseBioCmirror()

常用操作

1. 查看当前用户已安装了什么包:

   > library()

2. 查看已安装 R 的版本信息，操作系统，以及已经载入的包的信息:

   > sessionInfo() # 这个用法还是很方便好用的。

3. 查看以及改变当前 Ｒ 的 path:

   > getwd() # 查看当前的工作目录
   [1] "/home/user"

   > setwd("/home/user/Downloads") # 改变当前的工作目录
   [1] "/home/user/Downloads"

4. 退出:

   > q()

帮助

在Ｒ下一般安装的包很多，每个包的功能也很多，在命令行下熟练掌握 help 的用法是很重要的.

1. 查看Ｒ官网上的基础文档，入门文档:

   > help.start()

2. 查看某一特定 function/method 的用法:

   > help(sum) # Accesses help file for function sum
   or
   > ?sum # Searches the help files for function sum

   > library("limma")
   > help(eBayes)
   即可，非常方便

3. 在所有已安装的包中以关键词进行搜索某一 function/method :

   > help.search("sum")
   > help.search("heatmap")
   or
   > ??sum
   > ??heatmap

4. 查看某一 function/method 的示例：

   > example(heatmap)
   > example(norm) # 非常的有用

5. 查看某一个包的帮助信息:

   > library(limma)
   > help("limma") # 可以看到对这个包的简单介绍。
   > help(package="limma") # 则可以看到除介绍外所有的 function/method 列表。

6. 查看某一个包的文档信息(pdf):

   > vignette(package="affy") # 查看该包有那些文档介绍
   Vignettes in package ‘affy’:

   affy 1. Primer (source, pdf)
   builtinMethods 2. Built-in Processing Methods (source, pdf)
   customMethods 3. Custom Processing Methods (source, pdf)
   vim 4. Import Methods (source, pdf)

   从输出结果可以看到该包有四个文档，想查看某一文档:
   > vignette("vim", package="affy") # 非常的方便