Biopython 安装使用

Biopython 官网:https://biopython.org/

安装 Biopython  https://biopython.org/wiki/Download

 可以使用 pip 进行安装, 注意有时需要使用管理员权限,即管理员打开 cmd

pip install biopython

验证安装是否成功

Biopython 官方教程

https://biopython.org/wiki/Documentation

Biopython 的 API 文档

http://biopython.org/DIST/docs/api/

 读取并输出 fastq 文件

from Bio import SeqIO
bc_file = opne("bc_file.fastq", "a+")
for
record in SeqIO.parse(fastq_file, "fastq"): fastq_bc = id_bc[record.id] print(record.format("fastq"), file = bc_file, end = "")
bc_file.close()

 

posted on 2019-04-17 10:42  0820LL  阅读(504)  评论(0编辑  收藏  举报

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