Bedtools genomecov 计算覆盖度
简单说明：
- 从2.28.0版开始，bedtools使用htslib库支持CRAM格式
- 除了BAM文件，bedtools默认所有的输入文件都以TAB键分割
- 除非使用-sorted选项，bedtools默认不支持大于512M的染色体
- 如果没有使用-sorted参数对染色体按编码顺序进行排序（e.g., sort -k1,1 -k2,2n ），则必须使用-g参数输入相同排序染色体
- bedtools要求染色体命名方案在比较文件中是相同的（例如‘chr1’和‘1’不能同时存在）
1 genomecov
计算基因组水平上的reads覆盖度，可以以单个点位显示(-d)，或者以bed格式显示（-bg）。
在运行之前，保证
（1） 输入的bed/vcf/gff 文件时，要对齐进行排序(sort -k1,1 -k2,2n), 且提供 -g genome 文件
（2） 输入ban文件时，使用ibam 参数，先对bam文件进行sort，可不加-g 参数
如下
bedtools genomecov -bga -pc -ibam F_T02.sorted.bam >F_T02.frag.cov
head F_T02.frag.cov
YYchr1 0 183326 0
YYchr1 183326 183590 1
YYchr1 183590 187919 0
YYchr1 187919 188138 1
YYchr1 188138 190127 0
YYchr1 190127 190272 1
YYchr1 190272 190354 0
# -bg： 以bed文件输入
# -bga： 如上一样，但同时输入覆盖度为0的区域
以上结果中，第一列染色体，2，3列，位置区域，第4列 coverage，该区域的定义如下所示
参考
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