吴增丁

摘要： 上周收到一条求助信息：“如何用TCGA数据库分析LINC00152在卵巢癌与正常组织的的表达差异？” 所以以这个题目为记录分析过程如下： 一、下载数据 a）进入网站https://cancergenome.nih.gov/ 网页截图如下： b）进入数据下载 Launch Data Portal ，截 阅读全文

摘要： ENCODE（DNA分子元件的百科全书）是由国家人类基因研究所（NHGRI）资助的一个国际研究联盟， 该联盟的目标是：建立一份综合的人类基因组功能元件的清单，这些基本元件包括那些直接作用蛋白质和RNA水平的元件，也包括那些控制细胞和整体环境的功能元件。 官网（https://www.encodepr 阅读全文

摘要： conda是一个非常好的python包管理软件，但是它的Minicoda是一个非常好的生信软件包管理软件，更多conda介绍多google。 Miniconda简直就是生信人的福音，尤其是像我这种传统生物实验转生信的人。具体使用方法如下： 一、安装Miniconda 1.1下载 进入linux系统的 阅读全文

摘要： 从NCBI下载数据本来是一件很简单的事情，但是今天碰到几个坑： 1、paper里没有提供SRA数据号、也没有提供路径； 2、不知道文件在ftp的地址，不能直接用wget下载 所以通过在NCBI官网，直接在SRA搜索栏里： 输入paper的title关键词NIFTY BGI 搜索结果： 选一个文件点击 阅读全文

摘要： 先放一个python遍历发生的异常： 运行结果： 我期待的是遍历从1~9一个不落，但是每次都跳过一个元素，这让我很意外，好奇，也很纳闷？ 原来for 循环在遍历的时候，遍历的对象也是动态的，不是我之前认为的一旦开始遍历ls = [1,2,3,4,5,6,7,8,9]，这个list就固定了。 不是这样 阅读全文

摘要： Downloading and installing the SRA Toolkit step1： 下载并安装SRAtoolkit （Download the Toolkit from the SRA website） If you are using a web browser, the foll 阅读全文

摘要： 一、CNV 简介 拷贝数异常(copy number variations, CNVs)是属于基因组结构变异（structural variation），根据大小可分为两个层次：显 微水平（microscopic）和亚显微水平(submicroscopic)。显微水平 的基因组结构变异主要是指显微镜 阅读全文

摘要： 有一篇文件，研究了孕妇的孕周和体重对 胎儿游离DNA在母体cfDNA中占比的影响 文章名称：Gestational age and maternal weight effects on fetal cell-free DNA in maternal plasma 1、文章先统计所有孕妇的周期和体重分 阅读全文

摘要： 在软件中经常需要获取文件所在路径，方法有很多种（ 例如 os.path.realpath(__file__)， os.getcwd()， os.path.abspath(__file__)， sys.path[0]， sys.argv[0]），但是各有不同，比较如下： 在一个NIPT_Analysi 阅读全文

摘要： 在实际工作中，已经编辑好了NIPT_analysis的软件，该软件一般的输入文件是sam文件，但是为了集成进入测序仪器，需要直接从比对软件的标准输出中读取sam文件，省去了比对软件和NIPT_analysis的I/O时间。 问题来了，如何将这两个exe软件连接起来？原来两个exe程序就是两个进程，现 阅读全文