Conda / Miniconda——软件包管理系统使用

conda是一个非常好的python包管理软件，但是它的Minicoda是一个非常好的生信软件包管理软件，更多conda介绍多google。

Miniconda简直就是生信人的福音，尤其是像我这种传统生物实验转生信的人。具体使用方法如下：

一、安装Miniconda

   1.1下载

      进入linux系统的目录下，从https://conda.io/miniconda.html下载Miniconda安装包。

                      下载命令：wget -c  https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

     然后在对应目录下看到 miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh文件

                  

     或者  ：从https://conda.io/miniconda.html下载适用的Miniconda安装包，下载到自己window电脑上，然后用Winscp软件上传的到linux对应目录下，也一样。
  2.2 安装

      由于这是bash文件，所以用bash命令安装。

                 安装命令 ：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

     安装过程出现如下信息：

      

   中间有个步骤需要填 “”“yes”

      

 然后需要确认安装地址，我按了ENTER继续

      

安装完毕后会问要不要配置环境变量，填“”yes“”。随后信息报出安装完毕。

    ，

安装完毕后在目录下有新的目录 miniconda3

    

  最后source命令

                 命令：source   .bashrc 

  完毕后发现conda就可以用，输入conda命令，出现反馈信息，表明conda正式安装完毕：

    

二、使用

    2.1 增加 channels

     此时仍不能使用conda安装软件生信软件，需要添加channels。

       添加bioconda频道 的命令：  conda config --add channels bioconda

       添加  r 语言频道的命令 ： conda config --add channels r

     2.2 使用

      经过添加channels后，就可以安装生信软件了。先安装常用的 fastqc：

                 安装命令 ： conda install fastqc

   conda自动寻找，结果如下：

  

conda自动默认安装软件最新版本。询问要不要安装?这时候填 “”y“”，程序继续自动安装

完毕后进入miniconda3目录下，发现有FastQC目录：

说明安装成功

 

三、其它命令

        查询库中软件的版本： conda search 软件名

        安装指定版本：conda install 软件名=版本号  （conda会卸载之前安装的版本，再重新安装）

        更新版本 ：conda update 软件名

        卸载软件  ：conda remove 软件名

        激活软件 ： source activate 软件名  （把目录添加进环境变量）

        钝化软件： source deactivate  （从环境变量里面 删去 ）

       查看添加的频道 ：conda config --get channels