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1.Overview 可加载模块可以看做是Logic和UI联合构成的。 2.Creating Loadable Module 创建模块目录 建议使用ExtensionWizard采用模板的方法生成文件和文件目录。 Build 可以使用CMake GUI、也可以使用命令行的方法。注意的是一定要指定Sl 阅读全文
posted @ 2021-01-05 14:21
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1.前言 Slicer模块典型包含几种不同类型的模块，如CMake文件、Source文件、资源文件。 在大多数情况下，为了方便编译，文件名称和文件中文本字符串的名称需要保持一致。 ExtensionWizard是一个简化创建流程的工具。 2.使用GUI进入Extension 开启Slicer，选择E 阅读全文
posted @ 2021-01-05 14:20
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1.前言 之前数次在虚拟机上成功编译Slicer，感觉过程挺简单的。由于科研项目需要在Windows7环境下开发，所以研究了一下。考虑到国内对于3DSlicer的需求很高，然后相关参考文献及资料极其匮乏，本系列博客尝试改变这种现状，所有项目及教程均具有可重复性。 转载标识：Shenziheng/Sh 阅读全文
posted @ 2021-01-05 14:15
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1.前言 Slicer在Version4之前，GUI使用Kitware公司的GUI工具KWWidget开发，KWWidget不支持Unicode。而Slicer的最新Version4使用了Nokia公司的Qt代替KWWidget进行开发。 2.Slicer界面结构 Slicer应用程序的结构由应用程 阅读全文
posted @ 2021-01-05 14:12
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1.Slicer 1.1 Build Tree Slicer_HOME bin designer iconengines lib Slicer-X.Y cli-modules qt-loadable-modules qt-scripted-modules share Slicer-X.Y cli-m 阅读全文
posted @ 2021-01-05 14:06
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1.主要的类 vtkMRMLLayoutNode: 描述视图布局的节点，一个场景只存在一个布局节点。 vtkMRMLLayoutLogic: 控制/观测图层节点，如果需要会自动创建视图节点（在布局节点描述中引用，而不是场景中引用）。 vtkMRMLAbstractViewNode: 所有视图节点的抽 阅读全文
posted @ 2021-01-05 14:05
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1.Logics综述 Logic是算法的集合，主要处理场景中的MRML节点。 Logic可以是： Active（主动）：观测场景和节点，当接收事件改变时进行响应 Passive（被动）：实用函数的集合用来简化节点的处理 a mix of both：不理想... 2.Logic的类型 在Slicer中 阅读全文
posted @ 2021-01-05 14:02
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1.Slicer MRML数据类型综述 MRML提供API（应用程序接口）管理医学图像数据类型（Volume、Model、Transform、Fiducial、Camera等）和它们的可视化； 每种数据类型都用一个特定的MRML节点表示； MRML场景就是MRML节点的集合； Slicer的MRML 阅读全文
posted @ 2021-01-05 14:00
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1.循序渐进的脚本模块 脚本模块是采用Python编写的。 1.1 使用ModuleWizard的模板创建Scripted Module 参考： https://na-mic.org/wiki/2013_Project_Week_Breakout_Session:Slicer4Python http 阅读全文
posted @ 2021-01-05 13:57
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1.简述 可加载模块是针对Slicer设计的C++ Plugin（插件）。他们为特定的功能定义GUI，因为他们对应用程序具有完全控制权。 C++共享库 全权控制UI（基于Qt）和Slicer的内部构件（如MRML、logic、显示管理） 为繁重的计算进行优化 2.何如设计Loadable Modul 阅读全文
posted @ 2021-01-05 13:54
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1.ExtensionWizard创建初始框架 1.1 ExtensionWizard综述 ExtensionWizard是一个工具的集合，既可以利用Slicer中的图像用户接口（GUI）访问，也可以在一个独立的Python控制台使用命令行接口（CLI）访问。 Slicer Module通常包含几个 阅读全文
posted @ 2021-01-05 13:53
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1.历史放在最前头 首先FFT是离散傅立叶变换(DFT)的快速算法，那么说到FFT，我们自然要先讲清楚傅立叶变换。先来看看傅立叶变换是从哪里来的？ 傅立叶是一位法国数学家和物理学家的名字，英语原名是Jean Baptiste Joseph Fourier(1768-1830), Fourier对热传 阅读全文
posted @ 2021-01-05 13:45
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1.代码风格 从VTK继承的类要保持VTK传统命名规则。VTK的代码设计标准参考如下： http://www.vtk.org/Wiki/VTK_Coding_Standards 1.1 命名风格 缩写词应该用同样大小的字母表示(全大写/全小写) RASToSlicer RasToSlicer；vtk 阅读全文
posted @ 2021-01-05 13:44
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1.复习MRML类型 MRML，Medical Reality Markup Langguage,数据类型可以独立于系统可视化和算法部分执行。 MRML Scene数据对象包含了Slicer应用程序的状态、原始数据、可视化参数等诸多数据。每一个数据类型由特定的MRML Node来表示。MRML Sc 阅读全文
posted @ 2021-01-05 13:41
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1.系统架构 Slicer平台是基于VTK、ITK、CTK、KWWidgets、CMake、Qt和Python等开源软件开发的。主要采用的编程语言是C++、Python、JavaScript。 Slicer体系架可以分为3层：基础层、算法层和应用层。 基础层 由操作系统提供的最底层的库，典型如Ope 阅读全文
posted @ 2021-01-05 13:40
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1.什么是拓展？ 拓展，Extension，可以视为捆绑了一个或者多个模块module的封装包（delivery package）。安装一个拓展功能之后，相关的模块将会以内置模块形式呈现给用户。 Slicer目前拥有相当数量的拓展，具体参见如下网址： https://www.slicer.org/w 阅读全文
posted @ 2021-01-05 13:39
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1.MRML 1.1 Introduction MRML用来描述Slicer中的场景并映射到他的数据模型。MRML库提供了一个API用于管理医学图像数据类型（体数据、模型、变换、基准点、相机等）和可视化； 每种数据类型都以一个特殊的MRML node(节点)来呈现；MRML Scene就是所有MRM 阅读全文
posted @ 2021-01-05 13:38
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1.Core Feature 应该采用C++还是Python进行开发？ 这并没有统一的答案，因为Slicer应用各种语言和技术进行开发。 MRML和大多数逻辑操作符是采用c++开发的，如VTK子类 应用和大多数的界面是采用C++开发的，如QWidget子类 很多和C++捆绑在一起的重要模块，如Lab 阅读全文
posted @ 2021-01-05 13:35
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1.编译 Step1：CMake生成Slicer工程文件 使用Cmake生成Slicer的解决方案（Solution）包括两小点： 指定源代码目录：C:/myProjects/Slicer4；目标目录：C:/myProjects/Slicer4-SuperBuild-Debug Configure后 阅读全文
posted @ 2021-01-05 13:34
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1.简言之 3Dslicer基于NA-MIC工具包开发而来，主要使用的编程语言是C++。其使用的NA-MIC工具包包括VTK、ITK、CTK、Cmake、Qt、Python。 NA-MIC, the National Alliance for Medical Imaging Computing.NA 阅读全文
posted @ 2021-01-05 13:33
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