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1.前言 第一次接触奇异值分解还是在本科期间，那个时候要用到点对点的刚体配准，这是查文献刚好找到了四元数理论用于配准方法（点对点配准可以利用四元数方法，如果点数不一致更建议应用ICP算法）。一直想找个时间把奇异值分解理清楚、弄明白，直到今天才系统地来进行总结。 上一次学习过关于PCA的文章，PCA的 阅读全文
posted @ 2021-01-05 16:51
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注意力模型(Attention Model，AM)已经成为神经网络中的一个重要概念，并在不同的应用领域进行了充分的研究。这项调查提供了一个结构化和全面的概述关于attention的发展。我们回顾了注意力机制被纳入的不同的神经网络结构，并展示了注意力如何提高神经网络的可解释性。最后，我们讨论了在实际应 阅读全文
posted @ 2021-01-05 16:50
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1.前言戏说 双目立体视觉是基于视差原理，由多幅图像获取物体三维几何信息的方法。在机器视觉系统中，双目视觉一般由双摄像机从不同角度同时获取周围景物的两幅数字图像，或有由单摄像机在不同时刻从不同角度获取周围景物的两幅数字图像，并基于视差原理即可恢复出物体三维几何信息，重建周围景物的三维形状与位置。 双 阅读全文
posted @ 2021-01-05 16:48
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1. 基于区域生长算法的图像分割原理 数字图像分割算法一般是基于灰度值的两个基本特性之一：不连续性和相似性。前一种性质的应用途径是基于图像灰度的不连续变化分割图像，比如图像的边缘。第二种性质的主要应用途径是依据实现指定的准则将图像分割为相似的区域。区域生长算法就是基于图像的第二种性质，即图像灰度值的 阅读全文
posted @ 2021-01-05 16:47
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1.前言 error LNK2019: 无法解析的外部符号这个错之前见过很多次，能知道最根本的原因在于链接过程中没有搜索到程序用到的库文件，即*.lib。 笔记本重装了系统，有32Bit升到64Bit，运行VTK程序时，始终报错如下： 1> 正在创建库 E:\Driverprogram\imgpor 阅读全文
posted @ 2021-01-05 16:45
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1.Adding in MRML to Slicer MRML是Slicer中用到的场景描述，并映射到他的数据模型。MRML库提供了API管理医学图像数据类型和可视化，数据类型包含Volume、model、transform、fiducials、camera... 在MRML中，每一种数据类型都通过 阅读全文
posted @ 2021-01-05 16:44
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1.qSlicerCreateModelsModule.h 1 #ifndef __qSlicerllshCreateNewModelsModule_h 2 #define __qSlicerllshCreateNewModelsModule_h 3 4 // SlicerQt includes 5 阅读全文
posted @ 2021-01-05 14:35
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1.qSlicerIGSReaderModule.h 1 #ifndef __qSlicerIGSReaderModule_h 2 #define __qSlicerIGSReaderModule_h 3 4 // SlicerQt includes 5 #include "qSlicerLoada 阅读全文
posted @ 2021-01-05 14:33
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1.问题与思考 关于3DSlicer的功能开发，不可避免的会使用Loadable模块。这主要涉及Widget设计、多Module协作以及Slicer内部集成函数or类的调用。 这里主要想记录的是如何利用VS直接进行Widget设计。在真正动手操作的时候，我碰到了以下问题： 1.因为Slicer官方推 阅读全文
posted @ 2021-01-05 14:30
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1.the relationship between module & extension? Slicer的plus-in机制不必多谈。下面仅初步谈论Module和Extension的关系，并就创建和调试过程中的一些细节问题进行总结。 Extension是实现一个功能的实体，可以包括若干的modul 阅读全文
posted @ 2021-01-05 14:28
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1.configuration file包含的XML元素 Version Major版本号 PlusRevision创建配置文件更加详细的plus版本 Data collection ：定义所有用于采集和处理数据的设备Coordinate system definition坐标系定义（固定变换矩阵列 阅读全文
posted @ 2021-01-05 14:27
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1.问题描述： 环境：Slicer 4.7.0 Windows7 64bit 用Slicer提供的ExtensionWizard模块创建extension，经过CMAKE、VisualStudio编译，添加到Slicer中。 每次打开Slicer，Python Interactor都会报这个错。 2 阅读全文
posted @ 2021-01-05 14:25
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1.Overview 可加载模块可以看做是Logic和UI联合构成的。 2.Creating Loadable Module 创建模块目录 建议使用ExtensionWizard采用模板的方法生成文件和文件目录。 Build 可以使用CMake GUI、也可以使用命令行的方法。注意的是一定要指定Sl 阅读全文
posted @ 2021-01-05 14:21
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1.前言 Slicer模块典型包含几种不同类型的模块，如CMake文件、Source文件、资源文件。 在大多数情况下，为了方便编译，文件名称和文件中文本字符串的名称需要保持一致。 ExtensionWizard是一个简化创建流程的工具。 2.使用GUI进入Extension 开启Slicer，选择E 阅读全文
posted @ 2021-01-05 14:20
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1.前言 之前数次在虚拟机上成功编译Slicer，感觉过程挺简单的。由于科研项目需要在Windows7环境下开发，所以研究了一下。考虑到国内对于3DSlicer的需求很高，然后相关参考文献及资料极其匮乏，本系列博客尝试改变这种现状，所有项目及教程均具有可重复性。 转载标识：Shenziheng/Sh 阅读全文
posted @ 2021-01-05 14:15
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1.前言 Slicer在Version4之前，GUI使用Kitware公司的GUI工具KWWidget开发，KWWidget不支持Unicode。而Slicer的最新Version4使用了Nokia公司的Qt代替KWWidget进行开发。 2.Slicer界面结构 Slicer应用程序的结构由应用程 阅读全文
posted @ 2021-01-05 14:12
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1.Slicer 1.1 Build Tree Slicer_HOME bin designer iconengines lib Slicer-X.Y cli-modules qt-loadable-modules qt-scripted-modules share Slicer-X.Y cli-m 阅读全文
posted @ 2021-01-05 14:06
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1.主要的类 vtkMRMLLayoutNode: 描述视图布局的节点，一个场景只存在一个布局节点。 vtkMRMLLayoutLogic: 控制/观测图层节点，如果需要会自动创建视图节点（在布局节点描述中引用，而不是场景中引用）。 vtkMRMLAbstractViewNode: 所有视图节点的抽 阅读全文
posted @ 2021-01-05 14:05
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1.Logics综述 Logic是算法的集合，主要处理场景中的MRML节点。 Logic可以是： Active（主动）：观测场景和节点，当接收事件改变时进行响应 Passive（被动）：实用函数的集合用来简化节点的处理 a mix of both：不理想... 2.Logic的类型 在Slicer中 阅读全文
posted @ 2021-01-05 14:02
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1.Slicer MRML数据类型综述 MRML提供API（应用程序接口）管理医学图像数据类型（Volume、Model、Transform、Fiducial、Camera等）和它们的可视化； 每种数据类型都用一个特定的MRML节点表示； MRML场景就是MRML节点的集合； Slicer的MRML 阅读全文
posted @ 2021-01-05 14:00
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1.循序渐进的脚本模块 脚本模块是采用Python编写的。 1.1 使用ModuleWizard的模板创建Scripted Module 参考： https://na-mic.org/wiki/2013_Project_Week_Breakout_Session:Slicer4Python http 阅读全文
posted @ 2021-01-05 13:57
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1.简述 可加载模块是针对Slicer设计的C++ Plugin（插件）。他们为特定的功能定义GUI，因为他们对应用程序具有完全控制权。 C++共享库 全权控制UI（基于Qt）和Slicer的内部构件（如MRML、logic、显示管理） 为繁重的计算进行优化 2.何如设计Loadable Modul 阅读全文
posted @ 2021-01-05 13:54
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1.ExtensionWizard创建初始框架 1.1 ExtensionWizard综述 ExtensionWizard是一个工具的集合，既可以利用Slicer中的图像用户接口（GUI）访问，也可以在一个独立的Python控制台使用命令行接口（CLI）访问。 Slicer Module通常包含几个 阅读全文
posted @ 2021-01-05 13:53
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1.历史放在最前头 首先FFT是离散傅立叶变换(DFT)的快速算法，那么说到FFT，我们自然要先讲清楚傅立叶变换。先来看看傅立叶变换是从哪里来的？ 傅立叶是一位法国数学家和物理学家的名字，英语原名是Jean Baptiste Joseph Fourier(1768-1830), Fourier对热传 阅读全文
posted @ 2021-01-05 13:45
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1.代码风格 从VTK继承的类要保持VTK传统命名规则。VTK的代码设计标准参考如下： http://www.vtk.org/Wiki/VTK_Coding_Standards 1.1 命名风格 缩写词应该用同样大小的字母表示(全大写/全小写) RASToSlicer RasToSlicer；vtk 阅读全文
posted @ 2021-01-05 13:44
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摘要：
1.复习MRML类型 MRML，Medical Reality Markup Langguage,数据类型可以独立于系统可视化和算法部分执行。 MRML Scene数据对象包含了Slicer应用程序的状态、原始数据、可视化参数等诸多数据。每一个数据类型由特定的MRML Node来表示。MRML Sc 阅读全文
posted @ 2021-01-05 13:41
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1.系统架构 Slicer平台是基于VTK、ITK、CTK、KWWidgets、CMake、Qt和Python等开源软件开发的。主要采用的编程语言是C++、Python、JavaScript。 Slicer体系架可以分为3层：基础层、算法层和应用层。 基础层 由操作系统提供的最底层的库，典型如Ope 阅读全文
posted @ 2021-01-05 13:40
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1.什么是拓展？ 拓展，Extension，可以视为捆绑了一个或者多个模块module的封装包（delivery package）。安装一个拓展功能之后，相关的模块将会以内置模块形式呈现给用户。 Slicer目前拥有相当数量的拓展，具体参见如下网址： https://www.slicer.org/w 阅读全文
posted @ 2021-01-05 13:39
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摘要：
1.MRML 1.1 Introduction MRML用来描述Slicer中的场景并映射到他的数据模型。MRML库提供了一个API用于管理医学图像数据类型（体数据、模型、变换、基准点、相机等）和可视化； 每种数据类型都以一个特殊的MRML node(节点)来呈现；MRML Scene就是所有MRM 阅读全文
posted @ 2021-01-05 13:38
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摘要：
1.Core Feature 应该采用C++还是Python进行开发？ 这并没有统一的答案，因为Slicer应用各种语言和技术进行开发。 MRML和大多数逻辑操作符是采用c++开发的，如VTK子类 应用和大多数的界面是采用C++开发的，如QWidget子类 很多和C++捆绑在一起的重要模块，如Lab 阅读全文
posted @ 2021-01-05 13:35
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摘要：
1.编译 Step1：CMake生成Slicer工程文件 使用Cmake生成Slicer的解决方案（Solution）包括两小点： 指定源代码目录：C:/myProjects/Slicer4；目标目录：C:/myProjects/Slicer4-SuperBuild-Debug Configure后 阅读全文
posted @ 2021-01-05 13:34
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摘要：
1.简言之 3Dslicer基于NA-MIC工具包开发而来，主要使用的编程语言是C++。其使用的NA-MIC工具包包括VTK、ITK、CTK、Cmake、Qt、Python。 NA-MIC, the National Alliance for Medical Imaging Computing.NA 阅读全文
posted @ 2021-01-05 13:33
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摘要：
1.场景视图模块（Scene View Module） 场景视图用于组织场景数据中多个“实时”视图。用户创建视图数量没有上限，仅需要对场景的参数进行控制。 3DSlicer的场景视图功能通过场景视图模块来实现。为了方便随时操作，Slicer提供快捷工具。界面如下所示： 2.体数据模块（Volumes 阅读全文
posted @ 2021-01-05 13:32
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1.颜色管理模块（Colors Module） 医学图像处理和可视化时，不同组织希望用不同的颜色来表示。3DSlicer就是采用了颜色管理模块来管理颜色。 1.1 使用方法 Modules->all Modules->Colors Module 1.2 颜色表的管理 目前，3DSlicer支持三种颜 阅读全文
posted @ 2021-01-05 13:31
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摘要：
1.数据加载 1.1 3Dslicer支持的数据格式 Slicer支持多种医学图像数据的处理。由于Slicer的功能通过模块实现。数据类型也由模块来进行使用，某一个模块支持的数据类型可能有多种，例如数据模块可以对场景数据进行读取、写入的操作；体数据模块对影像图数据提供支持，这些影像图数据的格式不仅包 阅读全文
posted @ 2021-01-05 13:29
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CTK框架——CTK Widgets快速入门 一、CTK Widgets模块简介 1、CTK Widgets模块简介 CTK Widgets模块是CTK封装的用于通用功能以及生物医学成像专用领域的Qt组件库。CTK中所有部分都有大量的测试相关代码，在源码目录下Libs/xxx/Testin/Cpp目 阅读全文
posted @ 2021-01-05 13:25
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