随笔分类 -  nnUnet使用指南

摘要:代码如下 from collections import OrderedDict import glob import os import re import json from batchgenerators.utilities.file_and_folder_operations import 阅读全文
posted @ 2022-09-02 20:28 梅雨明夏 阅读(1393) 评论(0) 推荐(0)
摘要:数据预处理步骤 根据nnUNet框架,三维医学图像分割的通用预处理可以分为四步,分别是数据格式的转换,裁剪crop,重采样resample以及标准化normalization。 1.数据格式的转化 常见的医学图像格式有DICOM(后缀名为.dcm),MHD(后缀名为.mhd和.raw)以及NIFTY 阅读全文
posted @ 2022-06-13 23:32 梅雨明夏 阅读(11257) 评论(1) 推荐(2)
摘要:nnUNet地址 nnUNet的安装 安装python虚拟环境(作者不建议使用conda环境) sudo apt-get install -y python3-venv 或 pip install virtualenv 创建虚拟环境文件夹 选择要将Python编程环境放入哪个目录,或者我们可以使用来 阅读全文
posted @ 2022-05-01 13:29 梅雨明夏 阅读(5104) 评论(2) 推荐(0)
摘要:错误一 在使用代码nnUNet_plan_and_preprocess -t XXX --verify_dataset_integrity进行数据集验证时出现AssertionError AssertionError: could not find label file for case MR_00 阅读全文
posted @ 2022-04-26 21:32 梅雨明夏 阅读(3674) 评论(0) 推荐(0)