摘要:https://stackoverflow.com/questions/509211/understanding-slice-notation 阅读全文
posted @ 2019-06-05 14:33 xiaoxiaoxiaoxue 阅读 (56) 评论 (0) 编辑
摘要:tes vcf2maf时遇到问题 root 只是以root角色运行所有代码和app ##所有app包括root文件夹内利用conda下载的和root文件夹外所有app ##conda也可不在root文件夹 #注意不要用conda install perl/python等,直接用 运行结果保存 阅读全文
posted @ 2019-05-29 11:45 xiaoxiaoxiaoxue 阅读 (19) 评论 (0) 编辑
摘要:cpanm DBD::mysql #c complier not found apt-get install build-essential conda update --all -c conda/label/cf201901 conda update --all -c conda-forge/la 阅读全文
posted @ 2019-05-17 17:49 xiaoxiaoxiaoxue 阅读 (108) 评论 (0) 编辑
摘要:error404: 网址失效 去清华镜像官网发现conda 清华源 2019.5.16被移除 conda config --remove-key channels conda config --append channels conda-forge --append channels biocond 阅读全文
posted @ 2019-05-16 20:14 xiaoxiaoxiaoxue 阅读 (55) 评论 (0) 编辑
摘要:1. install VEP (1) prerequisite su apt-get update apt-get upgrade apt-get install -y perl #perl packages install cpanm DBI cpanm Archive::Zip cpanm DB 阅读全文
posted @ 2019-05-16 19:52 xiaoxiaoxiaoxue 阅读 (159) 评论 (0) 编辑
摘要:awk -F"," '{ if($4=="abc" && $5=="def"){print $1} else {print $0} } ' test.txt 输出 为江苏的号段 $0为整行 $1是第一个字符串 阅读全文
posted @ 2018-11-29 21:40 xiaoxiaoxiaoxue 阅读 (70) 评论 (0) 编辑
摘要:bwa genome index BWAINDEX_hg19$ bwa index -a bwtsw /home/reference/hg19.fa hg19.bed https://www.biostars.org/p/80443/ How to get data from a paper: NC 阅读全文
posted @ 2018-11-29 21:33 xiaoxiaoxiaoxue 阅读 (30) 评论 (0) 编辑
摘要:http://www.cnblogs.com/gispathfinder/p/5770091.html 特殊的分位数quartile:四分位数(25%, 50%, 75%, 100%)->top25%;least25% 用excel求quartile https://jingyan.baidu.co 阅读全文
posted @ 2018-11-27 14:35 xiaoxiaoxiaoxue 阅读 (138) 评论 (0) 编辑
摘要:参考http://www.biotrainee.com/thread-1835-1-1.html hg19.fa在2.98G左右,压缩文件800-900Mb //chromFa.tar.gz cd ~/reference mkdir -p genome/hg19 && cd genome/hg19 阅读全文
posted @ 2018-11-26 20:12 xiaoxiaoxiaoxue 阅读 (253) 评论 (0) 编辑
摘要:方法1.RNA-seq得到不同表达程度基因 方法2. 直接download U2OS_gene.csv https://cancer.sanger.ac.uk/cell_lines/download 最开始excel直接选用25%最高和25%最低,U2OS细胞共~16000基因,故复制前4000行的 阅读全文
posted @ 2018-11-23 11:01 xiaoxiaoxiaoxue 阅读 (66) 评论 (0) 编辑