萧飞IDO

摘要： 在使用面函数的时候，容易出现找不到头文件，可以通过Linux下的find命令查找是否存在其他目录中（find /usr/include -name "io.h"），然后将其拷贝到“/usr/include/”目录下，一般需要root权限。 一、创建目录 共有两种方式，可以选择其中一种，推荐第二种，可 阅读全文

摘要： access函数判断文件夹或者文件是否存在 函数原型： int access(const char *filename, int mode); 所属头文件：io.h filename：可以填写文件夹路径或者文件路径 mode：0 （F_OK） 只判断是否存在 2 （R_OK） 判断写入权限 4 （W 阅读全文

摘要： http://blog.csdn.net/weiwan123456/article/details/40891649 (1) getopt函数 定义：int getopt(int argc, char * const argv[], const char *optstring);描述：getopt是 阅读全文

摘要： 转自：http://blog.csdn.net/dlutxie/article/details/8868883 有的程序可以通过编译，但在运行时会出现Segment fault(段错误)。这通常都是指针错误引起的。但这不像编译错误一样会提示到文件一行，而是没有任何信息。一种办法是用gdb的step, 阅读全文

摘要： samtools的mpileup命令是一个samtools中一个很重要的命令。它的主要功能主要是生成BCF、VCF文件或者pileup一个或多个bam文件。比对记录以在@RG中的样本名作为区分标识符。如果样本标识符缺失，那么每一个输入文件则视为一个样本。 在pileup格式中(没有-u或者-g参数) 阅读全文

摘要： 转自：http://www.blogbus.com/bioinf-logs/236151157.html，作者 讨厌bio的bio男 版权声明：转载时请以超链接形式标明文章原始出处和作者信息及本声明http://www.blogbus.com/bioinf-logs/236151157.html 1 阅读全文

摘要： utadapt软件可以从高通量测序数据（fastaq文件）移除接头和低质量的序列。linux系统安装：用pip安装：pip install cutadapt（如果系统没有安装pip，会提醒你先安装pip)which cutadapt #查看安装路径cutadapt --help #查看使用说明和功能 阅读全文

摘要： 由于文件名和路径名限制实际上是有文件系统有关系的，所以要用pathconf函数。或者用getconf命令.比如：$ getconf PATH_MAX /usr 1024$ getconf NAME_MAX /usr255 阅读全文

摘要： samtools view -bS test.sam > test.bam samtools sort test.bam -o test_sorted samtools index -b test_sorted.bam samtools tview test_sorted.bam ref.fa 阅读全文

摘要： 做完mapping之后，需要知道mapped reads在基因组上的分布，所以尝试在ubuntu系统中使用IGV软件，简单记录使用过程，如下：１．下载IGV软件 去IGV官网: http://www.broadinstitute.org/software/igv/download，下载 binary 阅读全文