2017年3月17日

[samtools] tview查看mapping比对信息
摘要： samtools view -bS test.sam > test.bam samtools sort test.bam -o test_sorted samtools index -b test_sorted.bam samtools tview test_sorted.bam ref.fa 阅读全文
posted @ 2017-03-17 21:43 萧飞IDO 阅读(936) 评论(0) 推荐(0) 编辑
[Linux] IGV使用说明
摘要： 做完mapping之后，需要知道mapped reads在基因组上的分布，所以尝试在ubuntu系统中使用IGV软件，简单记录使用过程，如下：１．下载IGV软件 去IGV官网: http://www.broadinstitute.org/software/igv/download，下载 binary 阅读全文
posted @ 2017-03-17 21:14 萧飞IDO 阅读(8721) 评论(0) 推荐(0) 编辑
Integrative Genomics Viewer (IGV)
摘要： http://software.broadinstitute.org/software/igv/igvtools_commandline Running igvtools from the Command Line Running igvtools from the Command Line Dow 阅读全文
posted @ 2017-03-17 16:41 萧飞IDO 阅读(2482) 评论(0) 推荐(1) 编辑

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